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La comprensión de la dinámica de los ensambles de peces ha mejorado considerablemente con la introducción de modelos conceptuales simples que vinculan la estructura del ensamble con variables abióticas, interacciones entre especies y fenómenos de dispersión. En las llanuras aluviales de los grandes ríos, el pulso de inundación modifica profundamente estos factores afectando potencialmente a los ensambles de peces de las lagunas. En el presente trabajo se analiza la relación entre las variables ambientales y dinámica de los ensambles de peces en lagunas de la llanura de inundación del río Salado a lo largo de un hidroperíodo completo. Durante un año se tomaron muestras mensuales de peces con red de arrastre y copo y se midieron 23 variables ambientales internas y 2 variables de paisaje en 7 lagunas. El análisis de correlación canónica (CCA) indicó que estructura del ensamble varió predeciblemente a lo largo de un gradiente ambiental determinado por la temperatura, la profundidad, la cobertura vegetal y la transparencia. El método de partición de la varianza indicó una mayor proporción de varianza explicada y una mayor influencia de las variables espaciales en situaciones de aguas bajas. Durante períodos de aguas altas, la interconexión de las lagunas con el cauce daría lugar a fenómenos estocásticos asociados a la libre migración de las especies. Durante aguas bajas, el aislamiento y la reducción del tamaño del hábitat potenciarían el efecto de las variables abióticas y las interacciones interespecíficas, favoreciendo a aquellas especies con mayor tolerancia fisiológica y mecanismos sensoriales adecuados para la detección de presas o la elusión de los depredadores.