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Es necesario contar con biomarcadores que permitan identificar el daño que pueden sufrir especies acuáticas, enfocando particularmente los estudios de cambios precoces a nivel celular. El objeto del estudio fue la aplicación de un ensayo de genotoxicidad (Cometa) sobre una especie íctica autóctona. Se empleó para el ensayo Cometa el protocolo Singh, N et al. (1988) con adaptaciones necesarias para la especie determinándose el índice de daño al ADN. Se determinaron los valores basales en dos poblaciones celulares distintas: eritrocitos y células branquiales. Posteriormente, los peces divididos en tres grupos, fueron expuestos por 5 días, bajo condiciones controladas de laboratorio, a concentraciones de 0,075; 0,150 y 0,300 µg/L de Cipermetrina y el control. Los resultados indican que las células branquiales presentan daño más significativo que las hemáticas. Las branquias son la vía preferente de absorción no alimentaria de biocidas. No obstante ser más complejo el paso de separación de las células branquiales para la preparación de los slides, la respuesta es más sensible cuando se compara con los eritrocitos. Resulta importante la aplicación de esta técnica como biomarcador permitiendo de detección de anomalías estructurales del ADN en un corto período de tiempo, con eficiencia y reproductibilidad elevadas.