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Entre los factores que controlan el zooplancton de los grandes ríos, el comportamiento hidrológico con sus fases de aguas bajas y altas, es considerado como uno de los más importantes. En este trabajo se analizó comparativamente composición, riqueza y abundancia del zooplancton del canal principal del río Paraná (km 603) en períodos de comportamiento hidrológico ordinarios (1976 -1981), durante los eventos de inundaciones extraordinarias El Niño (1982- 1983; 1997- 1998) y La Niña, con una fase de sequía extrema (1999-2000).El zooplancton se caracterizó por la dominancia de rotíferos, cladóceros pequeños y nauplios. Las especies planctónicas fueron las que alcanzaron la mayor frecuencia. Las mayores densidades promedios se observaron durante los años de comportamiento hidrológico ordinarios, principalmente en aquellos en que el rango de variacion del nivel hidrométrico fue mayor. Los máximos se observaron en fases de aguas bajas. Tanto durante El Niño como La Niña el zooplancton presentó la menor abundancia, en el primer caso asociados a un fenómeno de dilución y mayor capacidad de arrastre aguas abajo y en el segundo donde se registró la menor transparencia del agua, asociado a una comparativamente mayor concentración de sedimentos suspendidos. Dado que la variabilidad hidrológica relacionada a la inundación anual es un importante factor en el mantenimiento de la biota (Junk et al., 1989), la menor variación de nivel durante La Niña puede ser un también un factor de perturbación. Entre 1995-1996 se registró en el área de estudio la presencia de los primeros individuos del bivalvo filtrador invasor Limnoperna fortunei. A partir del 2000 sus poblaciones alcanzaron gran desarrollo, con la presencia de numerosas larvas en el plancton, por lo que la información generada por este trabajo permitirá también un futuro análisis comparativo con el zooplancton de los años posteriores a esta invasión y la evaluación de su potencial impacto.