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Es necesario contar con biomarcadores que permitan identificar el daño que pueden sufrir especies acuáticas, enfocando particularmente los estudios en cambios precoces a nivel celular. Hemos dirigido el estudio a la aplicación de un ensayo de genotoxicidad (Ensayo Cometa) sobre una especie centinela de nuestros ríos, Prochilodus lineatus. Se empleó para el Ensayo Cometa el protocolo Singh, N. et al. (1988) con adaptaciones necesarias para la especie determinándose el Indice de Daño al ADN. En una primera etapa se determinaron los valores basales para la especie en dos poblaciones celulares distintas: eritrocitos y células de agalla. Posteriormente, los peces divididos en tres grupos, fueron expuestos por 5 días, bajo condiciones controladas de laboratorio, a concentraciones de 0,00; 0,15 y 0,30 µg/L de Cipermetrina, (n=10 por ensayo). Los resultados indican que las células branquiales presentan un daño más significativo que las hemáticas. Las agallas son la vía preferente de absorción no alimentaria de biocidas. No obstante ser más complejo el paso de separación de las células branquiales para la preparación de los slides, la respuesta es más sensible cuando se compara con los eritrocitos. Resulta importante la aplicación de esta técnica como biomarcador permitiendo la detección de anomalías estructurales del ADN en un corto período de tiempo, con eficiencia y reproducibilidad elevadas.