Se ofrece un servicio de procesamiento de imágenes de microscopía que incluye procesamientos básicos lineales, reconstrucciones tridimensionales, armado de animaciones, etc. Asimismo se aplican herramientas de análisis de imágenes para obtener información cuantitativa. Entre otros métodos se realizan mediciones de perfil de intensidad, morfometría, análisis de colocalización, FRET, FRAP, FLIP, parámetros dinámicos de procesos celulares (netosis, dinamismo de organelas), y de motilidad celular.

Para el procesamiento y análisis de imágenes se cuenta con el software de Olympus FV-ASW que permite, entre otras aplicaciones, hacer reconstrucciones 3D regulando rotación, intensidad, transparencia, y reconstrucciones 4D poniendo como variable al tiempo. Este mismo programa también posee módulos de cuantificación de colocalización, medidas de estudios morfométrico (intensidades, distancias, áreas), medición de FRET, FRAP, etc. Por último, se posee amplia experiencia en el manejo de software de acceso libre (imageJ, Fiji) para el análisis cuantitativo de imágenes y series temporales.

Ciencias Médicas

MEDICINA-HEMATOLOGIA

Enfermedades no endemicas

Investigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicas

Microscopía
Fluorescencia
Colocalización
FRET
reconstrucciones 3D

El servicio consiste en la preparación de muestras biológicas para su posterior observación por microscopía confocal. Partiendo de cultivos celulares fijados o de cortes histológicos, se realizan marcaciones por inmunofluorescencia y/o aplicación de sondas. Para estudios en células vivas se realizan marcaciones con sondas vitales y se preparan los medios de cultivo optimizados para la observación en ensayos de "time lapse".

Se reciben las muestras fijadas de células en cultivo o cortes histológicos, junto con los anticuerpos primarios. Se realizan las marcaciones fluorescentes de las muestras recibidas y el montaje en medios adecuados para microscopía confocal. Para esta técnica se utilizan anticuerpos secundarios para la marcación multicanal (conjugados a fluoróforos como, Alexa -405, -488, -555 o -647) y/o sondas fluorescentes de uso común, ambos pudiendo ser provistos por el usuario. Se disponen de sondas comunes como DAPI, Hoechst, ioduro de propidio y faloidina-TRITC. Para la observación de células vivas, las mismas se deben plaquear en cámaras estériles con base de vidrio para la visualización en microscopios invertidos. En el servicio se provee de estas cámaras. Una vez recibidas las células, se mantienen durante la observación en medios especiales de cultivo sin rojo fenol.

Ciencias Médicas

MEDICINA-HEMATOLOGIA

Enfermedades no endemicas

Investigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicas

Microscopía
Fluorescencia
Anticuerpos
Sondas

Se pueden obtener imágenes confocales en planos simples y múltiples, aplicables en estudios morfológicos, de colocalización, FRET y reconstrucciones 3D. También se cuenta con un sistema de mantenimiento de células vivas, que posibilitan estudios dinámicos en células, como transporte intracelular, FRET, FRAP, FLIP, motilidad y migración celular, netosis, etc. En ambos casos se pueden tomar imágenes por contraste de interferencia (DIC) simultáneamente con la fluorescencia.

El material de estudio, ya sea fijado o sean células vivas, es observado en un microscopio confocal Olympus modelo FV1000 pudiendo optarse por objetivos de aire (4X/0.16 UPlan SApo y 20X/0.75 UPlanSApo), de inmersión en aceite (60X/1.42 PlanApo N) e inmersión en agua (60X/1.2 UPlanSApo). Se cuenta con filtros y espejos dicroicos óptimos para estudios de colocalización y FRET (por método de "sensitized emission"). Cuenta con un sistema de iluminación LASER LD 405nm, LASER LD 488 nm, He/Ne 543 nm, LD 635nm. Estas líneas LASER permiten la visualización de una amplia variedad de fluróforos y sondas tales como DAPI, Hoechst, ioduro de propidio, FITC, rodamina, mitotracker, lisotracker, Alexa (-405 -488 -546 -555 -633 -647), y proteínas fluorescentes como GFP, YFP, CFP, DsRed, Cherry, etc. Con los objetivos de 20X y 60X también se pueden capturar imágenes por contraste diferencial (DIC). Los estudios de time lapse en células vivas se realizan en un incubador termostatizado MIU-IBC-I/IF con calentador de objetivo y control de flujo de gas mezcla Hemo3 (5% CO2 + 20% O2).

confocal con sistema de detección por filtros Olympus FV1000

Ciencias Médicas

MEDICINA-HEMATOLOGIA

Enfermedades no endemicas

Investigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicas

Microscopía
Fluorescencia
Cultivos celulares
Time lapse

Provisión de ratones de las cepas Balb/c y C57BL/6 endocriados bajo Altas Barreras Sanitarias (SPF) y Barreras Sanitarias Estándar (Convencionales). Alojamiento de ratones bajo Barreras Sanitarias Estándar (Convencionales) y bajo Nivel de Bioseguridad 2 (NB2). El alojamiento es un tipo de hospedaje para ratones donde se brinda la posibilidad de mantener las distintas líneas de trabajo experimentales.

Los animales son criados y mantenidos bajo estrictas barreras sanitarias, manejados por personal altamente capacitado, alojados en salas independientes perfectamente acondicionadas, con control de temperatura, humedad y renovación de aire. Dichos animales son sometidos a estrictos controles sanitarios, monitoreados por técnicas de biología molecular (PCR) realizadas en el exterior (PRIA). El bioterio del IMEX-ANM cuenta, además, con un laboratorio para trabajar con animales infectados con agentes biológicos del Grupo de Riesgo 2. Dicho laboratorio cuenta con todos los Elementos de Protección Personal y Colectiva cumpliendo con reglamentaciones nacionales e internacionales de bioseguridad y seguridad e higiene.

Veterinaria

VETERINARIA Y ESP. PECUARIAS-OTRAS

Produccion animal-Otros

Investigación y desarrollo experimental en el campo de las ciencias médicas

Ratones
Animales de laboratorio
Bioterio
Alojamiento, Housing
Bioterio Nivel Bioseguridad 2

El servicio utiliza datos provenientes de NGS de genomas, exomas, paneles de genes, arrays y RNA-seq. El servicio incluye el análisis de calidad y filtrado de lecturas crudas, ensamblado, alineamientos con genomas de referencia, llamado, filtrado y anotación de variantes (SNPs + indels y copy number variations), caracterización de variantes estructurales, y análisis de expresión diferencial. dirigida a investigadores y empresas privadas.

El análisis de calidad y el filtrado de lecturas crudas se realizan utilizando las herramientas FASTQC/ FASTX-TOOLKIT y Trimmomatic. Los alineamientos se realizan con los programas bwa-mem, BowTie2 o TopHat2, y el ensamblado se obtiene a través de las herramientas AbySS, SPAdes, Flye o Unicycler. El llamado y filltrado de variantes (SNP + indels) se realiza con el Kit de Herramientas de Análisis de Genomas (GATK) de acuerdo a las buenas prácticas recomendadas por el Broad Instiute. Las variantes son anotadas con SnpEFF y SnpSIFT, utilizando bases de datos GNOMAD, ExAC, ClinVar u otras de acuerdo a las necesidades del cliente. Las copy number variations se determinan usando la herramienta Canvas y para la caracterización de las SV se utilizan Lumpy SvABA o Manta. Para el análisis de expresión diferencial se utiliza el paquete EdgeR contenido en R/BioconductoR. El servicio incluye la devolución de un informe en formato pdf detallando los diversos resultados y archivos finales pertinentes. Los clientes deberán suministrar los datos crudos de las lecturas de NGS detallando el tipo de librería o kit de captura y el equipo utilizado para la secuenciación. El plazo para la entrega de resultados tiene un máximo de 5 días hábiles. Todos los datos serán procesados en servidores privados pertenecientes a la Unidad de Bioinformática del Instituto de Medicina Experimental (IMEX-CONICET).

Computadora de Alto Rendimiento, 64 GB RAM, Intel i7-8700 Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz | Computadora de Alto Rendimiento, 64 GB RAM, Intel i7-8700 Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz

Informática y Comunicaciones

INFORMATICA-OTRAS

Salud humana

Procesamiento de datos

BIOINFORMATICA
SECUENCIACIÓN MASIVA PARALELA (NGS)
ANALISIS DE DATOS BIOLOGICOS
GENOMAS, EXOMAS, RNAseq
ANALISIS DE MICROARRAY

Incluye el procesamiento de datos provenientes de lecturas RNAseq, análisis de calidad de las lecturas crudas, filtrado, alineamiento, conteo de lecturas, análisis de expresión diferencial de genes y de enriquecimiento de vías. Se entrega un informe html con tablas de genes diferenciales, sus medidas de resumen estadistico, gráfico del análisis de componentes principales (PCA) y volcano plot. Las vías enriquecidas se visualizan por medio de dotplots y gráficos de redes.

Se realiza el análisis de calidad de lecturas utilizando el programa FASTQC. El alineamiento con el genoma de referencia humano (GRCh38/hg38 o b37/hg19) o murino (mm39) se lleva a cabo utilizando el programa STAR. Con el paquete GenomicAlignments se obtiene los valores de conteo de las lecturas, el análisis diferencial se realiza con el paquete DESeq2 y el de enriquecimiento de vías con el paquete clusterProfile, todos del leguaje de programación R. Las bases utilizadas para la anotación de variantes por defecto son Gene ontology, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Reactome Pathway Database y Disease Ontology. Se entregará un informe que no reviste carácter de certificación.

Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz | Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz

Informática y Comunicaciones

INFORMATICA-OTRAS

Salud humana

Procesamiento de datos

Bioinform
RNAseq
Transcriptoma
Análisis de datos Biológicos

El servicio incluye el procesamiento de datos provenientes de lecturas de Whole Genome Sequencing (WGS). Análisis de calidad, filtrado y preprocesamiento de las lecturas, alineamiento, llamado de variantes (SNVs + indels y variantes estructurales) y anotación de variantes. El resultado incluye un link con los archivos bam, vcf y un vcf anotado en formato hoja de cálculos.

Se realiza un análisis de calidad de lecturas mediante FASTQC. El alineamiento se lleva a cabo utilizando el genoma de referencia (GRCh38/hg38 o b37/hg19) utilizando el paquete BWA. El pre-procesamiento y llamado de variantes, se realizan utilizando el conjunto de herramientas de GATK en el caso de los SNVs + indels y con los programas Structural variation and indel analysis by assembly (SvABA), LUMPY y el algoritmo de GATK structural variants calling. Finalmente, la anotación de las variantes se lleva a cabo con SnpEff o Variant Effect Predictor tools (VEP). Se entregará un informe que no reviste carácter de certificación.

Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz | Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz

Informática y Comunicaciones

INFORMATICA-OTRAS

Salud humana

Procesamiento de datos

Bioinformática
Análisis de Genoma Completo
WGS
Análisis de datos Biológicos
Paneles Virtuales

El servicio incluye el procesamiento de datos crudos (archivos idat) provenientes de lecturas de Illumina Infinium GSA (Illumina iScan Platform) o archivos con genotipo (archivo vcf), incluyendo la anotación de las variantes detectadas, determinación de B Allele Frequency (BAF), Log R Ratio (LRR) por cromosoma y análisis de asociación de genoma completo (GWAS) basado en los SNVs detectados en grupos de casos determinados, utilizando algoritmos de machine learning y bases de datos de SNVs.

La genotipificación de los archivos crudos idat se realiza sobre el genoma de referencia humanos (GRCh38/hg38 o b37/hg19) dependiendo de la plataforma de microarray utilizada utilizando Illumina Microarray Analytics Array Analysis CLI v2, para los archivos vcf genotipificados con GRCh37, se realiza una conversión al GRCh38 con el algoritmo de liftover de picard (GATK). La anotación de las variantes se hace con SnpEff o Variant Effect Predictor tools (VEP), el análisis GWAS se realiza en R e incluye un análisis diferencial discriminante binario y PCA, filtrado de SNVs patogénicos en función de frecuencias observadas. Bases de datos utilizadas: Las bases utilizadas para la anotación de variantes por defecto son: gnomAD v4.1.0, AlphaMissense, dbNSFP4.5a, CADD, DisGeNet. En caso de requerir anotaciones con base de datos en particular el tiempo de entrega puede variar. Se entregará un informe que no reviste carácter de certificación.

Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz | Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz

Informática y Comunicaciones

INFORMATICA-OTRAS

Salud humana

Procesamiento de datos

Bioinformática
MicroArrays
Machine learning
GWAS

El servicio incluye el procesamiento de datos provenientes de lecturas de Whole Exome Sequencing (WES), Paneles de genes clínicos a partir de ADN en formato fastq o la generación de paneles virtuales si se solicitan los genes a filtrar. Análisis de calidad, filtrado y preprocesamiento de las lecturas, alineamiento, llamado de variantes (SNVs + indels) y anotación de variantes. El resultado incluye un link con los archivos bam, vcf y un vcf anotado en formato hoja de cálculos.

Se realiza un análisis de calidad de lecturas mediante FASTQC/FASTX-TOOLKIT. El alineamiento se lleva a cabo utilizando el genoma de referencia (GRCh38/hg38 o b37/hg19) utilizando el paquete BWA. El pre-procesamiento y llamado de variantes, se hacen utilizando el conjunto de herramientas de GATK y de acuerdo con las buenas prácticas indicadas por el Broad Institute. Finalmente, la anotación de las variantes se hace con SnpEff o Variant Effect Predictor tools (VEP). Las bases utilizadas para la anotación de variantes por defecto son: gnomAD v4.1.0, AlphaMissense, dbNSFP4.5a, CADD, DisGeNet. En caso de requerir anotaciones con base de datos en particular el tiempo de entrega puede variar. Se entregará un informe que no reviste carácter de certificación.

Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz | Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz

Informática y Comunicaciones

INFORMATICA-OTRAS

Salud humana

Procesamiento de datos

Bioinformática
Exoma
Paneles de genes
Paneles de genes virtuales
Análisis de datos biológicos

Incluye el procesamiento de matrices de cuentas pre-procesadas disponibles en bases de datos públicas. El resultado facilita la búsqueda de expresión diferencial de transcritos células específicos de muestras de distintos contextos fisiológicos así como la correlación de transcritos entre diversas células.

Todos los análisis se realizan utilizando el paquete Seurat en el software RStudio. Abarca el filtrado de datos basado en un umbral para células, reads y porcentaje de lecturas mitocondriales. Se realiza la normalización, integración, clustering y anotación de células. La anotación se lleva a cabo con el paquete SingleR. Se entregará un informe que no reviste carácter de certificación.

Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz | Computadora de Alta performance Intel Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz

Informática y Comunicaciones

INFORMATICA-OTRAS

Salud humana

Procesamiento de datos

Bioinformática
Single-Cell análisis
Analisis de datos Biológicos

Se evaluará la capacidad de un compuesto aportado por el solicitante de inducir muerte bacteriana utilizando dos metodologías: cinética de curva de crecimiento bacteriano, y determinación cuantitativa de unidades formadoras de colonias a 24 h post-tratamiento. Se utilizará un panel de 4 aislados clínicos de distintas especies de bacterias multirresistentes a los antimicrobianos, representando las bacterias oportunistas circulantes más prevalentes en pacientes

1- Reunión con solicitante para evaluar mejores condiciones y consensuar concentraciones y panel de bacterias a utilizar de las disponibles. 2- Cinética de crecimiento por duplicado en medio de cultivo líquido (TSB) de las bacterias elegidas entre el panel disponible en presencia y ausencia del compuesto (2 concentraciones) con mediciones cada 30 minutos hasta un total de 8 horas. Se utilizarán 4 especies bacterianas distintas acordadas previamente con el solicitante. 2- Determinación cuantitativa de unidades formadoras de colonias en presencia de ausencia del compuesto por diluciones seriadas en placas de agar (TSA) a 24 horas post-tratamiento. 3- Análisis de resultados y elaboración de informe.

Ciencias Médicas

MEDICINA-BACTERIOLOGIA

Salud humana

Servicios relacionados con la salud humana n.c.p.

capacidad bactericida
bacterias clínicas multirresistentes