DR. OF PHILOSOPHY
LIC. EN GENETICA

PROFESIONAL PRINCIPAL

Sobre PCR DE BRUCELLA, en el año 2023 con continuidad en el 2024, se propone: 1- Evaluar cómo afectan a la sensibilidad las variables térmicas y de ciclado y/o el orden de agregado de los aditivos químicos. 2- Investigar el mecanismo por el cual los aditivos potencian a la PCR, aumentando la sensibilidad y/o disminuyendo los d/m. 3- Determinar si es útil, para evitar los d/m, trabajar con los tubos en frío al preparar las reacciones de PCR. 4- Ensayar el efecto de aumentos de la temperatura en la etapa de extensión, en conexión con la interferencia que provocaría sobre la Taq las posibles estructuras secundarias en la diana (determinadas in silico). 5- Ensayar distintas temperaturas Ta (annealing), con creciente rigor térmico, para determinar la que reduce los d/m sin perder sensibilidad en la detección del amplímero. Determinar cómo interaccionan esas temperaturas con los aditivos. 6- Determinar si usar los primers asimétricamente puede mejorar la S y si hay un primer más propenso a generar d/m. A la vez, si el resultado experimental confirma los cálculos in silico sobre estructuras secundarias en zonas de hibridación de primers. 7- Consolidar la optimización realizada para comenzar a utilizar la PCR en la detección de Brucella en muestras clínicas y determinar ajustes que deban efectuarse. 8- Evaluar distintas metodologías para extraer ADN de muestras clínicas 9- Determinar la sensibilidad, reproducibilidad y robustez de la PCR. 10- Analizar los costos que implicaría comprar polimerasas que sean hot-start o que sean resistentes a inhibidores presentes en tejidos o que sean más aptas para secuencias ricas en GC. Se determinarán las ventajas económicas de seguir usando una Taq típica, pero complementando con los aditivos químicos potenciadores. 11- Comparar la PCR en un termociclador distinto al que utilizamos, pero con capacidad de gradiente, para conocer cómo funciona el protocolo en distintos equipos y/o comparar los efectos de distintas temperaturas. 12- Evaluar si es posible mejorar la sensibilidad del bromuro de etidio mediante algún aditivo, solvente o estrategia. 13- Diseñar algoritmos con pasos y requisitos para validar protocolos publicados de PCR de Brucella, incluyendo estudios computacionales de sus secuencias dianas y primers, previamente a los experimentos y a la compra de primers. Así, evaluar un protocolo publicado para PCR de Brucella canis y otros protocolos para el género. 14- Probar otros primers, pero para la detección específica de B. canis y eventualmente preparar un extracto hervido de esta especie. 15- Como el genoma de Brucella spp es muy rico en GC (52% promedio), considerar como lo aprendido podría mejorar la búsqueda y validación computacional de otras secuencias candidatas para PCR. En SEROLOGÍA PORCINA del parásito Trichinella, el grado de progreso en el 2023 dependerá del tiempo en meses que requieran unas reformas edilicias, solicitadas por CONICET, en el edificio SAMP del CIVETAN. Implicarán el cierre temporario del Laboratorio de Triquinosis. Al restablecerse el laboratorio avanzaré con: 1- Ensayos de WB para serología con proteínas de Trichinella. 2- Aplicación y validación del DOT-ELISA, comparando con ELISA y WB. 3- Pruebas con otras superficies para DOT-ELISA como la PVDF y una novedosa lámina plástica blanca revestidas con nano-partículas. 4- Asistencia en la técnica de ELISA que ya ha sido optimizada en el laboratorio. 5- Consideración del DOT-ELISA como estrategia, en fase sólida, para aplicarse a serología de otros parásitos o patógenos. 6- Consolidación de las mejoras en WB para que las innovaciones en reactivos y procedimientos, orientadas especialmente a las proteínas E/S de Trichinella, puedan ser publicadas en una comunicación corta. 7- Optimización de la cuantificación densitométrica de las imágenes de WB y DOT-ELISA, con software libre 8- Adaptación de planes de trabajo a un subsidio que se espera será otorgado a la Dra. Riva en el último bimestre del 2023. OTRAS ACTIVIDADES: 1- Continuar asistiendo a los seminarios del CIVETAN. 2- Asistir a seminarios internacionales (por Zoom fuera de horario de trabajo). 3- Me familiarizaré con el uso de la inteligencia artificial en la validación del diseño de experimentos 4- Incursionar en divulgación de ciencias biomédicas en redes sociales (Linkedin, etc), durante los fines de semana

ALVAREZ, LUIS IGNACIO / INV PRINCIPAL

[CIVETAN] CENTRO DE INVESTIGACION VETERINARIA DE TANDIL -
[CCT TANDIL] CENTRO CIENTIFICO TECNOLOGICO CONICET - TANDIL -
[CONICET] CONSEJO NACIONAL DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS Y TECNICAS -