Medidas de distancia en el agrupamiento de perfiles moleculares obtenidos por la técnica RAPD

BRUNO, C.; IGLESIAS, J.; BALZARINI, M.; CONCI, L.; MARTINEZ, M.J.

Mar del Plata

Congreso; XXX Congreso Argentino de Genética. IV Jornadas Argentino Uruguayas de Genética; 2001

La información obtenida mediante la técnica RAPD es discreta y multidimensional. Estudios de variabilidad, involucran la clasificación de individuos mediante Análisis de Conglomerados en función de sus perfiles de bandas. Aun utilizando el mismo algoritmo de aglomeración, el agrupamiento varía dependiendo de la medida de distancia seleccionada. Este trabajo evalúa el desempeño de medidas de distancia comúnmente usadas para perfiles RAPD. Se usaron matrices binarias (1 presencia, 0 ausencia de bandas) construidas con perfiles moleculares de aislamientos del hongo F. moniliforme. Los aislamientos provenían de tallos y granos de plantas de sorgo y maíz afectadas. La recolección de plantas se realizó en tres regiones geográfica argentinas. Para 15 primers se obtuvieron matrices de distancia entre los aislamientos usando las medidas de asociación de Jaccard, Rogers- Tanimoto, positive y simple matching. Se evaluó la consistencia de las agrupaciones obtenidas mediante el algoritmo UPGMA con la interpretación derivada de Bi-plots del Análisis de Componentes Principales. Además, se compararon los coeficiente de correlación cofenética y la correlación con la procedencia (hospedante/geográfica) de los agrupamientos de aislamientos. Se concluye que existe variabilidad genética en la población de F.moniliforme estudiada y que las medidas de Jaccard y Rogers-Tanimoto produjeron agrupamientos más consistentes con dicha variación.