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El conocimiento sobre la diversidad y estructuración genética es importante para poder estudiar la dinámica poblacional de las especies, realizar estudios filogenéticos, evaluar los efectos de la fragmentación del hábitat sobre el flujo génico, y así también, diagramar planes de conservación y manejo adecuados con el fin de evitar extinciones. En Argentina, el coipo, Myocastor coypus, esuna de las especies de fauna más representativas y más presionada por las actividades humanas. En su mayoría los estudios realizados en esta especie son de índole ecológica mientras que los estudios genéticos son escasos. El objetivo de este trabajo es analizar el grado de diversidad genética y la estructuración genética de varias poblaciones de coipos de la provincia de Buenos Aires. Los muestreos fueron realizados en ríos y arroyos de las cuencas del Río Luján, Arroyo de la Cruz y Río Arrecifes, obteniéndose 50 muestras fecales. A partir de las secuencias de un fragmento de 529 bp de la Región Control del ADN mitocondrial, fue calculada la diversidad haplotípica (H) y la diversidad nucleotídica (π) para cada sitio y realizado un AMOVA. Por último fue construida una red haplotípica a partir de los resultados obtenidos de un Análisis Bayesiano de Estructura Poblacional (BAPS). Fueron obtenidos 18 haplotipos definidos por 37 sitios polimórficos. Los valores de H fueron en su mayoría superiores a 0,5; mientras que los valores de π fueron inferiores a 0,013. Los resultados del AMOVA no mostraron estructuración genético poblacional. El BAPSexhibió la presencia de cuatro haplogrupos donde fueron agrupados los individuosindistintamente de su ubicación geográfica y cuyos haplotipos son genéticamente similares. Este estudio da una primera aproximación al conocimiento de la diversidad y estructura genética poblacional de M. coypus, aportando información relevante para la evaluación del estado de conservación de la especie en el área de estudio.