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El autoensamblado de redes porosas se ha convertido es una de las estrategias más prometedora para construir nanoestructuras de baja dimensionalidad (1D ó 2D). Esta estrategia, permite diseñar materiales con propiedades ópticas y eléctricas variables. La variedad de moléculas orgánicas (ligandos) y metales utilizados en los procesos de autoensamblado permite diseñar a ?priori? nanoestructuras con dimensiones y geometría específicas. Este diseño de nanoestructuras suele ser llamado, arquitectura o ingeniería molecular. Sin embargo, para lograr un completo entendimiento del autoensamblaje de estas nanoestructuras, resulta necesario estudiar las interacciones que se generan entre molécula-molécula y molécula-substrato, como por ejemplo: fuerzas débiles no-covalentes tipo van der Waals (vdW), interacciones dipolo-dipolo, enlaces de hidrógeno y interacciones metal-ligando. En este trabajo, presentamos una modelización, de la formación de redes con ligandos de Di-carbonitrilo-polifenilo NC-Ph3-CN y NC-Ph6-CN, en fase gas y sobre un substrato de grafeno. Los cálculos se llevaron a cabo en el marco de la teoría de la funcional densidad (DFT), incluyendo vdW. Aquí realizamos un estudio comparativo de la organización molecular con y sin sustrato. Los resultados teóricos presentados ayudan a entender resultados experimentales que recientemente hemos reportados.