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Con el propósito de analizar la estructura filogeográfica de Triatoma infestans, se analizaron 983 pb del gen mitocondrial ND5 y 481 pb del gen nuclear FE-1α en 181 individuos procedentes de Argentina y Bolivia. A partir de los datos del gen ND5, se distinguieron cuatro haplogrupos espacialmente circunscriptos. Dos de ellos, coincidentemente con lo obtenido a partir del gen FE-1α, se encuentran en Bolivia y en Morajú (Santa Fé, Argentina). Sin embargo, los haplogrupos más representativos de esos genes no mostraron correlación con la distribución geográfica y presentaron un patrón de topología en estrella que podría corresponderse con una expansión demográfica relativamente reciente en Argentina. Por otra parte, los resultados obtenidos a partir del análisis de poblaciones de ambos países son congruentes con los grupos alopátricos, andino y no andino, descriptos para T. infestans. Contrariamente a lo esperado para un grupo ancestral, los haplotipos de Bolivia no fueron basales en los árboles filogenéticos y en las redes se ubicaron en posiciones periféricas. Estas evidencias no apoyarían la hipótesis del origen andino de la especie. A este respecto, el flujo génico histórico asimétrico desde la población de Morajú, ubicada en la zona fitogeográfica del Chaco, hacia Bolivia apoyaría la hipótesis que postula el origen chaqueño de T. infestans. El elevado número de pasos mutacionales que separan la población de Morajú, indica que se trataría de una población relictual que se habría mantenido aislada desde los últimos períodos de glaciación.