Más Allá de la ?Biopsia Sólida?: Caracterización de Variantes Tumorales en Cáncer Rectal por Secuenciación Dirigida de ADN Circulante

SENDOYA JUAN M., ; GOLUBICKI MARIANO, ; ROTONDARO CECILIA, ; MURÚA YANINA, ; CORAGLIO MARIANA, ; GUALDRINI UBALDO, ; ISEAS SOLEDAD, ; CABANNE ANA, ; KUJARUK MIRTA, ; MIKOLAITIS VANESA, ; RIZZOLO MARIANA, ; SALANOVA RUBÉN, ; IRMAS STELLA, ; ROCA ENRIQUE, ; PODHAJCER OSVALDO L., ; LLERA ANDREA S

Simposio; Simposio Internacional Programa RAICES - Red de Científicos Argentinos en el Noreste de EEUU ?Ganando la guerra contra el cáncer?; 2016

Las tecnologías de secuenciaciónde próxima generación (NGS) han permitido acelerar los tiempos de la Genómica ydisminuir sus costos. Mediante NGS, hoy es posible realizar caracterizacionesexhaustivas de los distintos tipos de cáncer, ilustrando su heterogeneidad yevolución, y brindando herramientas objetivas para guiar el tratamientooncológico.Si bien el foco inicial radicó endescribir exhaustivamente el perfil mutacional de los distintos tipos detumores, ya han surgido nuevas aplicaciones que permiten interrogar más alládel genoma tumoral, como la secuenciación de ADN circulante (cfDNA, cell-free DNA), según el concepto de?biopsia líquida?.En el presente trabajo se abordó lasecuenciación dirigida de 409 genes relacionados con cáncer, partiendo de tresfuentes de ADN provenientes de un paciente con cáncer rectal: biopsia tumoral(ADN tumoral), sangre periférica (ADN normal) y plasma (cfDNA). Mediante PCRmultiplexadas se construyeron bibliotecas con los genes amplificados, posteriormentesecuenciadas en un Ion Proton. Los datos obtenidos se sometieron a controles decalidad utilizando herramientas informáticas desarrolladas in house, y se realizó la búsqueda de variantes con el software IonReporter. Las variantes halladas pasaron por un proceso de anotación sumandodiversas bases de datos para evaluar su significado biológico.  Del total devariantes encontradas en el tumor, un 67% fueron también detectadas en cfDNA, distribuidasen genes relacionados a cáncer colorrectal tales como APC, EGFR y KRAS, entreotros. De estas variantes, siete son consideradas ?accionables?, ya que podríantener un posible impacto en la susceptibilidad a tratamientos dirigidos.La realización de esta prueba de concepto nos ha permitido diseñar unametodología de trabajo con procedimientos y herramientas de análisis novedosas,que permite identificar mutaciones en cfDNA con potencial relevancia biológicay clínica en forma personalizada, proponiendo al cfDNA como un posiblebiomarcador de menor invasividad capaz de contribuir a un mejor manejoterapéutico.