Simulación de las interacciones Ligando-Receptor. Desafío de entender un proceso Dinámico mediante el uso de técnicas Estáticas.

SEBASTIA ANDUJAR

Ciudad Autonoma de Buenos Aires

Conferencia; Primer Workshop Latinoamericano de Modelado Molecular y Simulación Computacional; 2016

Facultad de Cs. Exactas de la Universidad de Buenos Aires

La afinidad de un ligando (L) por su receptor biológico (R) depende principalmente de su capacidad para formar el complejo L-R. La formación de este complejo involucra un proceso dinámico en el cual intervienen diferentes interacciones intermoleculares responsables en última instancia de la estabilización y desestabilización del mismo.Comprender los aspectos claves que gobiernan la formación del complejo L- R ha representado un interés mayor para los Químicos Medicinales desde hace décadas y sigue siendo, aún en la actualidad, un problema sin resolver. Esto es comprensible, ya que una descripción precisa de este fenómeno permitiría el diseño y desarrollo de nuevos fármacos más específicos y más eficaces que es el objetivo principal en el diseño de fármacos.Simular este proceso esencialmente dinámico con técnicas de Modelado Molecular actuales, conduce a situaciones de compromiso: i) Realizar simulaciones mediante el uso de técnicas dinámicas, que evalúan con ciertas deficiencias las interacciones intermoleculares, principalmente las hidrofóbicas o ii) el uso de técnicas de la mecánica cuántica, que son mucho más precisas para evaluar las interacciones, pero están limitados sólo a evaluar una situación estática.Aquí se presenta un estudio comparativo sobre la base de los resultados obtenidos en dos sistemas biológicos diferentes de interés en Química Medicinal: a) Receptores Dopaminérgicos (D1 y D2) y b) la enzima acetilcolinesterasa (AChE). Nuestros resultados indican que la capacidad de describir y/o predecir de manera confiable asequible a las simulaciones de Dinámica Molecular depende de varios factores, a saber, el tamaño del sitio activo (espacio y profundidad), el número y el tipo de interacciones implicadas en la formación del complejo L-R, la variabilidad estructural de los ligandos en estudio y el papel de las moléculas de agua.