Análisis metagenómico de bacterias asociadas a suelos de un ambiente extremo (Los Colorados, Salta)

DEBORAH COLMAN; CHRISTINA MCCARTHY

Jornada; Jornadas Argentina de Microbiología; 2011

Los microorganismos representan una parte fundamental de la biósfera y cumplen roles únicos en el ecosistema y en el ciclado biogeoquímico del carbono, nitrógeno, azufre, fósforo y varios metales. A pesar de su abundancia y de la importancia que tienen los microorganismos del suelo en las funciones vitales del ecosistema (Kent y Triplett, 2002; Leininger et al., 2006; Wardle et al., 2004), se desconoce el rol preciso de muchos de ellos en dichos ciclos (Fitter et al., 2005). Los ambientes extremos se caracterizan por condiciones extremas físicas (por ej., temperatura, presión, radiación) y/o geoquímicas (como salinidad y pH) y su aislación física y temporal ha resultado en la selección de organismos inusuales (Antranikian et al., 2005) que han desarrollado extremozimas con mecanismos moleculares adaptados a esas condiciones físicoquímicas extremas (Tehei y Zaccai, 2005). Por ello, las bacterias asociadas a suelos de ambientes extremos tienen un gran potencial práctico y económico en muchos procesos industriales, incluyendo aplicaciones agrícolas, químicas y farmacéuticas (Egorova y Antranikian, 2005; Podar y Reysenbach, 2006; van den Burg, 2003). Sin embargo, debido a que la mayoría de los microorganismos provenientes de ambientes naturales no son cultivables (Amann et al., 1995) y a que son muy diversos, su caracterización y cuantificación en los sistemas naturales representa un desafío. La metagenómica abarca el análisis genómico cultivo-independiente de la comunidad microbiana contenida en una muestra ambiental. Objetivo. Caracterizar la composición de microorganismos capaces de proliferar en un ambiente extremo. Materiales y Métodos. Se recolectaron muestras de suelo de “Los Colorados” (Departamento de San Carlos, Salta) que fueron conservadas a -80oC hasta su procesamiento. “Los Colorados” es una reserva natural que se encuentra en la ecorregión de Chaco Seco y presenta suelos del orden Alfisol (horizontes superficiales claros y subsuelos arcillosos). A partir de estas muestras de suelo se extrajo y purificó el ADN genómico bacteriano con un kit comercial (QIAGEN Mini Stool Kit). Las secuencias 16S ADNr se amplificaron utilizando los cebadores universales 8F y 1492R (Crump et al., 1999; Stackebrandt y Liesack, 1993). Posteriormente, los productos de amplificación fueron clonados y secuenciados. Resultados y Conclusiones. A partir de muestras de suelo provenientes de un ambiente extremo (Los Colorados, Salta), se logró extraer ADN genómico bacteriano de pureza y concentración adecuadas para amplificar secuencias 16S ADNr. Estos productos de amplificación fueron exitosamente clonados, construyéndose una biblioteca metagenómica bacteriana compuesta por 37 clones. Este trabajo representa el primer análisis metagenómico de la composición bacteriana de un suelo de ambiente extremo en el país.