Identificación de regiones genómicas virales involucradas en la inducción de síntomas producidos por Potyvirus en alliaceae.

MARCOS GIOVANI CELLI; MARIA CECILIA PEROTTO; CECILIA LUCIANI; MARIA CECILIA MERINO; GISELLA STRUMIA; ELISABETH POZZI; VILMA CECILIA CONCI

Buenos Aires

Otro; AVANCES PNPV 1135024; 2015

Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria - INTA

En La Consulta, Mendoza, se llevó a cabo la extracción de RNA total con Qiagen RNeasy Plant RNA kit, a partir de una muestra de hoja de ajo cultivado se hizo El RNA total fue enviado a INDEAR (Plataforma Genomica y Bioinformatica, INDEAR Inc., Rosario, Argentina) para Secuenciación de Nueva Generación (NGS ? New Generation Sequencing) en Illumina HiSeq 1500 (Illumina).Por medio de los análisis de ?ORF Finder? (Open Reading Frame Finder - Buscador de Marcos de Lectura Abierta) y de BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) disponibles en el NCBI, fueron identificados dos contigs (10521 nt y 10257 nt) correspondientes al genoma completo de 2 aislamientos de Onion yellow dwarf virus (OYDV) co-infectando la planta de ajo. En el genoma más largo se detectó un ORF de 10212 nt que codifica una poliproteína deducida de 3403 aa. En el genoma más corto (10257 nt) se detectó un ORF de 9930 nt que codifica una poliproteína deducida de 3309 aa. Este último virus contiene 282 nt (94 aa) menos que el primero. La comparación de los dos genomas alineados en el software Mega 6.1 mostró que la diferencia en el número de nucleótidos entre ambos se debe a una deleción en la región HC-Pro. Esta deleción encontrada en el genoma de OYDV en ajo fue previamente publicado por Takaki et al. (2006) quienes la asociaron con la sintomatología observada. Ellos concluyeron que el virus con el genoma más corto produce síntomas leves en la planta, sin embargo, la obtención de los virus de forma aislada no fue descripta. Es importante considerar que en ajo los virus forman un complejo integrado por numerosas entidades virales diferentes y se podría decir que no existe naturalmente ajo libre de virus; por lo cual, obtener aislamientos virales es un desafío. En trabajos previos nosotros obtuvimos las secuencias completas de un aislamiento viral de OYDV severo y otro de un aislamiento del virus que produce síntomas leves, ambos provenientes de cebolla. En este caso contamos con cada uno de los virus aislados en plantas diferentes (Fig. 1). Cuando las secuencias completas de ambos virus fueron comparadas no se detectó la deleción mencionada y las secuencias genómicas de los aislamientos de cebolla, mostraron un 92,2% de identidad (Celli et al., 2013).En los trabajos a futuro se pretende continuar con el estudio de la región viral involucrada en la inducción de síntomas en OYDV considerando que este virus es el responsable de las mayores pérdidas en el rendimiento de ajo (Conci, 1997; Conci, 2014).