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Las plantas de ajo están infectadas sistémicamente por virus que infectan al cultivo y son responsables de importantes pérdidas en los rendimientos. Debido a la exclusiva propagación agámica del ajo los virus se transmiten de generación a generación formando un complejo que infecta el total de las plantas. Hasta el presente han sido citadas diferentes especies de los géneros Potyvirus, Carlavirus y Allexivirus. Con el objeto de obtener las secuencias completas de los virus presentes y detectar las combinaciones existentes en ajos se realizó la extracción de RNA total de una muestra proveniente de Mendoza y se secuencio mediante sistema de nueva generación (HiSeq 1500 Illumina). Los contigs obtenidos fueron comparados por Blastn con la base de datos del GenBank y se detectaron 3 genomas completos de Allexivirus, 2 de Potyvirus y 1 de Carlavirus. Posteriormente los genomas fueron comparados mediante SDT 1,2 software con secuencias publicadas en GenBank. Los genomas de Allexivirus mostraron entre 72,3 y 82,1% de identidad de nucleótidos con Garlic virus A (GarV-A), entre 84,3 % y 89,0% con Garlic virus D (GarV-D) y entre 88,6 y 97,4% con secuencias parciales de Garlic virus B (GarV-B). Los 2 genomas de Potyvirus mostraron entre 78,4 y 87,8% de identidad con Onion yellow dwarf virus (OYDV) de ajo, y el Carlavirus mostró entre 92,4 y 94,1% de identidad con Garlic common latent virus (GarCLV). En este trabajo se obtuvo por primera vez la secuencia completa de un GarV-B y las primeras secuencias completas de GarV-A, GarV-D, OYDV y GarCLV de aislamientos argentinos, confirmando la presencia de infecciones mixtas integrada por numerosos virus en el cultivo de ajo.

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