Huellas de selección en razas vacunas españolas seleccionadas para producción de carne

SEBASTIÁN MUNILLA; ALDEMAR GONZÁLEZ-RODRÍGUEZ; JUAN ALTARRIBA; ELENA F. MOURESAN; JHON J. CAÑAS-ALVAREZ; CLARA J. DÍAZ; ANTONIO MOLINA; PABLO MARTÍNEZ CAMBLOR; JOSÉ B. FERRAZ; LUIS VARONA

Bellaterra (Barcelona)

Congreso; XVII Reunión Nacional de Mejora Genética Animal; 2014

Centre de Recerca en Agrigenòmica

Los métodos de detección de huellas de selección constituyen una herramienta muy valiosa en la búsqueda de genes asociados a caracteres productivos o adaptativos en las especies domésticas. Estos procedimientos se basan en cotejar una muestra de secuencias alineadas de ADN y poner a prueba la hipótesis de que la variabilidad observada puede explicarse completamente por procesos de mutación y deriva. Si se descarta el efecto de ciertos procesos demográficos, el rechazo de esta hipótesis constituye una evidencia de que la región ha estado sometida a algún tipo de selección. El objetivo de este trabajo fue realizar una búsqueda de huellas de selección conjunta en una muestra de individuos de cinco razas vacunas españolas seleccionadas para producción de carne. Para ello, se implementó el test de neutralidad de Fay y Wu en un análisis de ventanas deslizantes a lo largo del genoma, definiendo el alelo ancestral en cada posición a partir de una muestra de individuos de la raza índica Nelore. Para cada raza y cromosoma, los valores de significación se obtuvieron contrastando la distribución empírica del estadístico calculado a partir de ventanas formadas por SNPs contiguos versus ventanas formadas por SNPs tomados al azar a lo largo del cromosoma. El mínimo valor de esta última distribución se interpretó como umbral de significación. En total, se detectaron 71 regiones donde las cinco razas evaluadas mostraron conjuntamente desviaciones significativas del supuesto de neutralidad. Las señales más intensas se obtuvieron para regiones de alrededor de 0,5 Mb en los cromosomas 16, 7 y 5, en ese orden. La distribución de la longitud de las regiones detectadas mostró una forma marcadamente asimétrica, con una moda en torno a 0,07 Mb, pero con algunas regiones que se extienden más allá de las 2 Mb. Dado que ciertos procesos demográficos pueden alterar los patrones de variabilidad respecto a la hipótesis de neutralidad, una posible interpretación a estos resultados es que las señales detectadas en regiones más extensas pueden estar asociadas a este fenómeno. Una expansión en la historia reciente de la población, por ejemplo, puede generar el mismo patrón de variabilidad que un proceso de selección. Sin embargo, mientras que un proceso de selección afectará a un gen específico, un proceso demográfico dejará su huella sobre una región mucho más amplia del genoma.