Evaluación del uso de una meta-población para selección genómica en poblaciones autóctonas de vacuno de carne

ELENA F. MOURESAN; SEBASTIÁN MUNILLA; CLARA J. DÍAZ; ALDEMAR GONZÁLEZ-RODRÍGUEZ; JESÚS PIEDRAFITA; CARMEN AVILÉS; JESÚS A. BARÓ; CARLOS MORENO; LUIS VARONA

Bellaterra (Barcelona)

Congreso; XVII Reunión Nacional de Mejora Genética Animal; 2014

Centre de Recerca en Agrigenòmica

Los procedimientos de evaluación genómica exigen una población de referencia suficientemente grande para obtener un eficiencia superior a los métodos tradicionales. Su implementación en vacuno de leche es inmediata, pero su aplicación en vacuno de carne es todavía discutible, debido a que, en muchas poblaciones, es prácticamente imposible disponer de una población de referencia de suficiente tamaño. Un posible alternativa consiste en la utilización de meta-poblaciones compuestas por individuos de distintos orígenes genéticos. En este trabajo se partió de los resultados del chip de genotipado de alta densidad ((BovineHD BeadChip (Illumina Inc., USA)) para 116 tríos (padre/madre/descendiente) de cinco razas autóctonas de vacuno de carne español (Asturiana de los Valles, Avileña-Negra Ibérica, Bruna dels Pirineus, Pirenaica y Retinta). Los progenitores fueron escogidos mediante el criterio de mínimo parentesco. Después del control de calidad, se utilizaron 706.704 SNP y se determinaron las fases de los cromosomas parentales mediante BEAGLE. A partir de esta información se generaron, mediante simulación, poblaciones base para cada una de las poblaciones, que posteriormente se expandieron en una generación de 500 individuos y 3 generaciones de 1000 individuos (100 machos y 900 hembras). A partir de los genotipados simulados se generaron valores genéticos aditivos y fenotipos para un carácter con heredabilidad 0.3, tomando como mutaciones causales el 3% de los genotipados. Con esta información se realizó un proceso de evaluación genómica, después de eliminar la mutaciones causales, mediante GBLUP a partir de la información de las poblaciones puras y compuestas, y se evaluó la precisión de las estimaciones en las poblaciones de evaluación y en tres nuevas generaciones de simulación. Los resultados de evaluación genómica dentro de población obtuvieron los mejores resultados (0.721-0.749). Por otra parte, los resultados a partir de las poblaciones de entrenamiento compuestas por la mezcla de dos poblaciones proporcionaron un precisión entre 0.609 y 0.649 en las poblaciones incluidas en la evaluación, y mucho más bajas en las poblaciones no implicadas. Finalmente, los resultados a partir de una población compuesta por las 5 poblaciones proporcionaron precisiones entre 0.457 y 0.508. Los resultados sugieren que la evaluación genómica a partir de una meta-población es una estrategia interesante para la mejora genética de las poblaciones vacunas autóctonas de vacuno de carne.