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En San Juan se ha trabajado en forma ininterrumpida los últimos 15 años en relevamientos de la diversidad herpetológica, describiendo nuevas especies y realizando numerosos aportes al conocimiento de su biología y distribución. Por estas razones, el objetivo de este trabajo es presentar el estado actual de la diversidad de anfibios y reptiles de la provincia de San Juan con aportes sobre su conservación y distribución. Se presenta la diversidad catalogada en alguna de las siguientes categorías: Presencia confirmada (PC), Presencia a confirmar (PAC) y Presencia probable (PP). Se revisó el estado de conservación según las últimas categorizaciones de la AHA y se agrupó la diversidad en función de las ecorregiones. De las 77 especies de herpetozoos registradas, 1 es exótica y 8 requieren confirmación. La única especie registrada de tortuga está presente en las ecorregiones Chaco y Monte. Los lagartos cobran importancia en las ecorregiones Monte, Altoandina y Puna sobre el Chaco. Las anfisbenas con una sola especie confirmada mantienen su distribución y registros inciertos. Los patrones de distribución de las especies asociadas a las diferentes ecorregiones, permite evidenciar la existencia de 3 situaciones: hay 40 especies de amplia ocurrencia (presentes en más de una 1 ecorregión), 25 especies de reducida ocurrencia (asociadas a ciertas áreas en 1 ecorregión) y 3 especies microendémicas (de distribución relictual). Resulta de fundamental importancia el incremento del conocimiento científico de la diversidad para constituirse en base de apoyo al sistema de administración a la hora de tomar decisiones de manejo, elaboración de listas rojas de especies y ambientes regionales, sobre bases científicas objetivas locales y métodos unificados a nivel nacional y provincial.