De la secuencia a la biofísica en proteínas con repeticiones de ankyrina: Construcción y análisis de una base de datos

PARRA, RG; FERREIRO, DU

Buenos Aires

Congreso; XL Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Biofisica; 2011

Sociedad Argentina de Biofísica

Las proteínas repetitivas están codificadas en motivos cortos (18-47 aminoácidos) repetidos en tándem. Estas proteínas se pliegan en estructuras elongadas, estabilizadas principalmente por interacciones en y entre repeticiones vecinas. La familia de ?Repeticiones de Ankirina? está presente en todos los taxones, participando en una gran diversidad de funciones celulares, generalmente mediadas por reconocimientos específicos. La aparente simplicidad estructural contrasta con los comportamientos biofísicos sofisticados que son frecuentemente observados para miembros de esta familia. A fin de descomponer las contribuciones energéticas subyacentes a las transiciones conformacionales, estamos construyendo una base de datos colectando información de secuencias, estructuras y dinámica para cotejar con los datos bioquímicos y biofísicos disponibles. Calculamos y analizamos múltiples parámetros en los espacios antedichos, buscando la manera apropiada de ponderar las contribuciones a las repeticiones individuales, a los arreglos repetitivos, a la secuencia completa de los polipéptidos. Analizamos proteínas de la familia cristalizadas en complejo con otras proteínas y clasificamos los mecanismos de interacción y reconocimiento, buscando definir si el comportamiento biológico de éstas proteínas puede ser rastreado en las secuencias y su entorno y como está dada esta correspondencia.