Interacciones no-covalentes nucleotido-fotosensibilizador usando metodos semiempiricos

CARLOS A. FRANCA; REYNALDO PIS DIEZ; MARIA MICAELA GONZALEZ; FRANCO M. CABRERIZO; MARTIN LAVECCHIA

Natal

Congreso; XXXVIII Congreso de Quimicos Teoricos de Expresion Latina; 2012

Asociacion Internacional de Quimicos Teoricos de Expresion Latina

Las interacciones no covalentes son de fundamental importancia para explorar estructuras moleculares en sistemas biologicos. La descripcion teorica de tales interacciones es compleja, principalmente porque estas son mucho mas debiles que las interacciones covalentes y, ademas, por el rol que juegan se deben tener en cuenta las energias de dispersion de London. Pavel Hobza y colaboradores introdujeron una extension al metodo semiempirico PM6 con el objeto de incluir estas interacciones (1). En este trabajo utilizamos este metodo con correccion por dispersion y puente de hidrogeno (PM6-DH+) para estudiar los complejos formados entre la molecula del fotosensibilizador norharmano y el nucleotido deoxiadenosinmonofosfato (dAMP) a diferentes valores de pH. Esto es relevante ya que los fotosensibilizadores son compuestos capaces de absorber radiacion UV y mediar entre esta y el ADN para provocar dano celular. A traves de una busqueda conformacional usando algoritmos geneticos (2) obtuvimos 404, 325 y 343 conformeros de partida para los sistemas a pHs 2.5, 5.4 y 10.5, respectivamente, y optimizamos sus geometrias al nivel de teoria PM6-DH+ (3). Los calores de formacion calculados estan de acuerdo con las constantes de formacion halladas experimentalmente (valores propios aun no publicados). Ademas, se observaron en las geometrias halladas las interacciones p-stacking propias de estos sistemas, y se caracterizaron las uniones de tipo puente de hidrogeno para los mismos. REFERENCIAS 1- J. Øezaè, J. Fanfrlik, D. Salahub, P. Hobza; J. Chem. Theory Comput. 5 (2009) 1749-1760 2- M. J. Vainio and M. S. Johnson; J. Chem. Inf. Model. 47 (2007) 2462-2474 3- MOPAC2009, James J. P. Stewart, Stewart Computational Chemistry, Colorado Springs, CO, USA,HTTP://OpenMOPAC.net (2008)p-stacking propias de estos sistemas, y se caracterizaron las uniones de tipo puente de hidrogeno para los mismos. REFERENCIAS 1- J. Øezaè, J. Fanfrlik, D. Salahub, P. Hobza; J. Chem. Theory Comput. 5 (2009) 1749-1760 2- M. J. Vainio and M. S. Johnson; J. Chem. Inf. Model. 47 (2007) 2462-2474 3- MOPAC2009, James J. P. Stewart, Stewart Computational Chemistry, Colorado Springs, CO, USA,HTTP://OpenMOPAC.net (2008)HTTP://OpenMOPAC.net (2008)