Caracterización molecular del genoma completo de un aislamiento argentino de Strawberry mild yellow edge virus en frutilla

ADA KARINA TORRICO; FLORENCIA ASINARI; EVA ENCARNACION CAFRUNE; MARCOS GIOVANI CELLI; VILMA CECILIA CONCI

Corrientes

Congreso; XXXV Congreso Argentino de Horticultura; 2012

Asociación Argentina de Horticultura - ASAHO

Desde 2008 se detectó la presencia de Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV) en los cultivos de frutilla de Argentina. Este virus es transmitido por áfido y fue detectado en Tucumán, Corrientes, Buenos Aires y Santa Fe. El objetivo de este trabajo fue caracterizar molecularmente un aislamiento de SMYEV. Se purificó el ARN total de frutilla cv Camarosa proveniente de Tucumán, infectada con el virus y fue remitida a la ?Plataforma Genómica y Bioinformática?, INDEAR Inc., Rosario, Argentina, para su secuenciación completa mediante pirosecuenciación. Se obtuvo un 80% de la secuencia del virus, con 5 ?gaps? que se completaron mediante el clonado y secuenciación de fragmentos amplificados por RT-PCR con iniciadores específicos diseñados a partir de la secuencia obtenida. El genoma completo del virus fue de 5.972 nucleótidos (nt) excluyendo la cola poli A. Se comparó con un aislamiento de Alemania y otro de USA depositados en el GenBank (AJ577359 y NC003794) y se obtuvo 96,7 y 87% de identidad respectivamente. Se reconocieron 5 marcos abiertos de lectura que codifican para la replicasa viral, TGB1, 2 y 3 que forman el triple bloque de genes y la CP. Se detectó la mayor identidad con el virus de Alemania que varió entre 76,6-98,9% nt y 97-100% aminoácidos (aa). A pesar de ello, en el gen TGB1 se detectó una deleción de 3nt respecto los virus de Argentina y USA. Cuando se comparó el virus de USA con el de Argentina se detectó 84,9-986,3% nt y 95,5-98,7% aa de identidad. Se continúan los estudios para dilucidar las variantes de SMYEV existentes.