Looking for population structure. Molecular data mining.

ANDRE PEÑA MALAVERA; ELMER A FERNÁNDEZ; BALZARINI, MÓNICA

Bogota

Congreso; XXI Simposio de Estadística en “Modelos de regresión”. 2011 Bogotá-Colombia; 2011

Universidad Nacional de Colombia

En estudios genéticos poblacionales es importante determinar la estructura genética presente entre los individuos en análisis. Los datos de marcadores moleculares proveen información para establecer similitudes génicas. Desde lo algorítmico se utilizan distintos métodos estadísticos y bioinformáticos para inferir la estructura subyacente. En este trabajo se comparan, en su desempeño como herramienta para determinar grupos, métodos de conglomerados jerárquicos basados en datos moleculares originales y en componentes principales, el método de conglomerado no-jerárquico k-medias, mapas auto organizativos con posiciones relativas (RP-Q-SOM) y un método de conglomerado bayesiano específico para agrupar datos genómicos. Hemos mostrado que los algoritmos RP-Q-SOM, Bayesiano y el k-medias se desempeñan bien en la mayoría de los escenarios evaluados pero todos se desempeñan pobremente cuando el nivel de divergencia genética entre grupos es bajo.