Secuencias saltarinas del genoma de mamíferos, detección de un elemento transponible en el intrón 7 del beta fibrinógeno de Eligmodontia (Rodentia, Cricetidae, Sigmodontinae)

MYLENA SANTANDER; JUAN M. FERRO ; LM BUSCHIAZZO; AGUSTINA A OJEDA; J. PABLO JAYAT; A. NOVILLO; PABLO TETA; C LANZONE

Jujuy

Congreso; Jornadas Argentinas de Mastozoología; 2023

SAREM

Los elementos transponibles (TEs) son secuencias de ADN eucariota que se movilizan dentro de los genomas y generalmente dejan marcas características en las regiones afectadas. Los roedores presentan una gran diversidad de TEs principalmente por la acumulación de diferentes familias de LTRs, llamados así por sus largas secuencias repetidas terminales en ambos extremos y con el mismo sentido (repeticiones directas). Aquí amplificamos y secuenciamos el intrón 7 del beta fibrinógeno (FGB) con los primers BFIB17_mammL y BFIB17_mammU en Eligmodontia moreni, E. puerulus, E. typus y E. morgani. Estas secuencias se compararon con las disponibles para filotinos (Phyllotis darwini, P. magister, P. haggardi, Calomys callidus, C. fecundus, C. venustus, y C. callosus), akodontinos (Akodon aerosus, A. azarae, A. mystax) y varias especies de Sigmodon (Sigmodontini). El análisis reveló una secuencia adicional en Eligmodontia de ~350pb, enmarcada en una duplicación directa de 8pb. La búsqueda en bases de datos de TEs mostró que la inserción tiene homología putativa con retrotransposones de clase I (SigHis-1.158), del orden de los LTRs, de la superfamilia de los ERVK (LTR-ERVK) descritos en S. hispidus. A partir del genoma de esta especie y sus anotaciones, se recuperaron estas copias, se alinearon y generaron nuevas secuencias consenso refinadas. Ninguna se encontró asociada al FGB en Sigmodon. Una de las variantes, de ~3Kb y 108 copias completas, está flanqueada a ambos lados por largas repeticiones terminales directas (~350pb) y correspondería al retrotransposón completo, presentando un marco abierto de lectura con homología a una proteína con dominios proteasa y polimerasa. Otra variante presentó una longitud similar a la inserción de Eligmodontia, con ca. 682 copias, correspondiendo a las repeticiones terminales de la variante mayor en la forma de sóloLTR. Como resultado de su inserción, ambos TEs generan duplicaciones directas (6-8pb) en ambos extremos, correspondiéndose con la duplicación observada en Eligmodontia. Trabajos previos describieron inserciones de TEs en los intrones 4 y 7 del FGB en diversos grupos de mamíferos. La inserción del intrón 7 es considerada ancestral en estos animales y se habría perdido en Rodentia. Aquí reportamos la inserción de un nuevo TE en este intrón de Eligmodontia, apoyando la hipótesis de que esta región genómica es un punto caliente para nuevas inserciones.