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Los elementos flavivirales endógenos (EFE´s) son secuencias flavivirales parciales o completas integradas en el genoma del hospedador. Se han reportado y caracterizado numerosos eventos de integración en genomas de Aedes spp. En los últimos años se ha identificado que algunos de estos elementos se encuentran activos y pueden producir transcriptos, ARNs de interferencia e incluso pueden traducirse produciendo proteínas incompletas. El rol biológico de estos elementos es un área de estudio actual y puede generar información importante respecto del sistema inmunológico de los vectores como también de la evolución de los arbovirus.Para la detección de flavivirus se partió de tres pooles de diez ejemplares de Aedes aegypti correspondientes a muestras colectadas en Tartagal, Santo Tomé y de la colonia del CEPAVE. Se realizó una extracción de ADN total y de ARN total. A partir de las muestras de ADN, se llevó a cabo una Nested PCR utilizando primers específicos. Sobre el ARN extraido se realizó una retrotranscripción utilizando los primers sense y antisense sobre la muestra de Tartagal y luego una Nested PCR. Las muestras positivas fueron secuenciadas para determinar la identidad de las secuencias involucradas.A partir de los datos de secuenciación, se pudieron identificar los elementos flavivirales insertos en el genoma de Aedes aegypti. Basándonos en datos bibliográficos se utilizaron estrategias moleculares alternativas para detectar la posición de la inserción. Se detectaron elementos flavivirales endógenos correspondientes al gen NS5 de Kamiti River tanto en las muestras de DNA como en las de RNA. Los resultados de secuenciación nos muestran que esta sección del virus se encuentra inserta en el cromosoma 2 del genoma de Aedes aegypti, dentro de una región transcripcionalmente activa, detectando transcriptos que lo contienen en ambas polaridades. Los resultados obtenidos indican la presencia de una secuencia de Kamiti River en el genoma de Aedes Aegypti. Conocer el diverso repertorio de EFE´s insertos en genomas de diferentes poblaciones de Aedes spp. puede ayudar a comprender el rol que estos poseen en el sistema antiviral de los vectores de transmisión de enfermedades con alta incidencia en la población. Por otra parte, la existencia de estos elementos puede influir en los métodos de detección de flavivirus sobre muestras de mosquitos colectadas en campo.

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