Validación clínica piloto del prototipo de un test mínimamente invasivo para la detección temprana de cáncer colorrectal basado en biopsia líquida

BOCANEGRA V; VAQUER CC; GARCÍA SAMARTINO C; MILITELLO RD; CAMPOY EM

Mendoza

Congreso; Segundo Congreso de la Gran Manzana; 2023

Hospital Central

Antecedentes: El cáncer colorrectal (CCR) sigue siendo la tercera neoplasia maligna más común yla segunda más mortal. Las tecnologías de detección sensibles, específicas y mínimamente invasivas son una estrategia prometedora para mejorar el diagnóstico temprano y la adherencia de la población de riesgo a los programas de tamizaje. Nuestro objetivo es desarrollar un test para implementar en biopsias líquidas mediante la detección de biomarcadores epigenéticos en plasma de pacientes con CCR. Actualmente estamos trabajando en un desarrollo tecnológico propio basado en PCR. Nos enfocamos particularmente en alcanzar niveles altos de sensibilidad y especificidad diagnóstica pero sin dejar de considerar que sea accesible para los sistemas de salud pública de nuestra región. Métodos: Desarrollamos una plataforma bioinformática que identifica biomarcadores basados en metilación a partir de datos de metilación de genoma completo, disponibles en bases de datos públicas (GDC-TCGA). A partir de algoritmos de análisis multidimensionales, establecimos un ranking con los biomarcadores epigenéticos más sensibles y específicos. Inicialmente, probamos estos biomarcadores en tejido tumoral y en mucosa colónica distante a la lesión de pacientes de riesgo promedio para CCR utilizando qPCR. Luego, aplicamos la tecnología desarrollada en un prototipo temprano que utiliza PCR digital en biopsia líquida, con el mejor panel de biomarcadores hallado hasta el momento. A partir de plasma, purificamos ADNtc en pacientes con diagnóstico de CCR y ADN libre circulante (ADNlc) de individuos sanos confirmados a partir de la videocolonoscopía negativa. Por último, aplicamos un análisis ROC calculando los valores de Área bajo la Curva (AUC) y obtuvimos los resultados de sensibilidad y especificidad del prototipo temprano.Resultados: Obtuvimos un panel inicial de 275 genes clasificados y rankeados mediante nuestraplataforma bioinformática. En base a diferentes criterios de clasificación (localización genómica,transcripción génica y criterios clínicos), seleccionamos un panel compuesto por los tresbiomarcadores mejor clasificados. Validamos el rendimiento de la plataforma bioinformática alidentificar biomarcadores epigenéticos sensibles y específicos de CCR detectando su presencia enla mucosa tumoral de pacientes con CCR y su ausencia en la mucosa colónica distante (n = 20).Además, aplicamos nuestra tecnología basada en dPCR para detectar simultáneamente el panel detres biomarcadores epigenéticos en ADNtc de 34 pacientes con CCR (estadios I, II, III y IV), y ADNlcde 33 individuos controles sanos. Obtuvimos un AUC=0,92 considerando todos los estadios, con una sensibilidad del 76% (IC del 95%: 60-87%) y una especificidad del 90,9% (IC del 95%: 76-97%).Conclusiones: Validamos un primer prototipo de un test basado en PCR digital que permite eldiagnóstico de pacientes con CCR a partir de la detección de múltiples biomarcadores epigenéticos en biopsia líquida.