Detección de biomarcadores epigenéticos en tejido y biopsias líquidas derivadas de pacientes con cáncer colorrectal

BOCANEGRA V; GARCÍA SAMARTINO C; ARBONA S; MILITELLO RD; ONGAY RL; VALDEMOROS P ; SANGUINETTI G; CORREA A; PELLEGRINI A; CARLEN M; MINATTI W; CAMPOY EM

Congreso; GastroEndo 2022: Congreso Argentino de Gastroenterología y Endoscopía Digestiva; 2022

Federación Argentina de Gastroenterología (FAGE), la Federación Argentina de Asociaciones de Endoscopía Digestiva (FAAED) y la Sociedad Argentina de Gastroenterología (SAGE)

Las marcas epigenéticas se refieren a modificaciones químicas en el ADN que no alteran lasecuencia, pero que pueden afectar la expresión génica. Se describen tempranamente en elproceso tumorigénico, pueden ser empleadas como biomarcadores y detectadas en biopsiaslíquidas. Este procedimiento mínimamente invasivo consiste en el análisis de información tumoralobtenida a partir del estudio de ADN tumoral circulante (ADNtc) presente en distintos fluidos corporales. Desarrollamos un algoritmo bioinformático capaz de identificar biomarcadoresepigenéticos sensibles y específicos. Además, desarrollamos una tecnología basada en PCRpara detectarlos con alta sensibilidad en biopsias líquidas. Comenzamos nuestras validacionescon cáncer colorrectal (CCR). El protocolo de trabajo fue desarrollado en colaboración con elCentro de Diagnóstico HIGEA, el equipo de Coloproctología del Hospital Italiano de Mendoza yla Unidad de Cirugía Colorrectal del Hospital Español de Mendoza. Objetivo: desarrollar y validaruna tecnología capaz de detectar con alta sensibilidad y especificidad biomarcadoresepigenéticos en biopsias líquidas de pacientes con CCR. Resultados: Constituimos una cohorteprospectiva de pacientes de riesgo promedio para CCR (n=39) y controles sanos (n=122), queconcurrieron a realizarse videocolonoscopía y/o cirugía de resección de CCR. Los y lasparticipantes firmaron el consentimiento informado aprobado por el correspondiente Comité deÉtica. Aislamos ADN de tejido tumoral, tejido sano distante a la lesión y ADNtc de plasma.Empleamos una tecnología basada en PCR para detectar biomarcadores epigenéticospreviamente descriptos en el screening de CCR por biopsia líquida (SEPT9) y biomarcadorespropios identificados mediante un algoritmo bioinformático. Inicialmente validamos nuestrodesarrollo tecnológico al detectar SEPT9 en ADN aislado de muestras de tejidos tumoralesderivadas de pacientes con CCR (n=20), empleando como controles lesiones distantes pareadas(n=20). Para determinar la sensibilidad y especificidad de la detección calculamosestadísticamente el área bajo la curva (AUC) mediante un análisis ROC y obtuvimos unAUC=0.98. Posteriormente, aplicamos la tecnología en la detección de SEPT9 en biopsiaslíquidas a partir del estudio de ADNtc aislado de plasma de pacientes con CCR (n=10) y controlessanos (n=10), (AUC=0.9012). Finalmente aplicamos nuestro algoritmo bioinformático eidentificamos una serie de biomarcadores propios que fueron detectados simultáneamente en lacohorte de tejidos derivados de pacientes con CCR (n=20), (AUC=0.995). Conclusión: Lacolaboración establecida entre HIGEA, el equipo de coloproctología y cirugía colorrectal y ellaboratorio de anatomía patológica, nos permitió demostrar que la innovación tecnológicadesarrollada permite identificar biomarcadores epigenéticos capaces de distinguir con altasensibilidad y especificidad pacientes sanos de pacientes con estadios tempranos y avanzadosde CCR.