Diseño de cebadores degenerados para la amplificación del gen cbhI en hongos de pudrición blanca.

GIORGIO EM, CONIGLIO RO, ABATE C, ZAPATA PD.

Congreso; Congreso Latinoamericano de Genética (ALAG). VIII Congreso de la Asociación Latinoamericana de Mutagénesis, Carcinogénesis y Teratogénesis Ambiental (ALAMCTA). XLIII Congreso de la Sociedad de Genética de Chile (SOCHIGEN). XXXIX Congreso de la Sociedad A; 2010

Los desperdicios agrícolas y los materiales forestales contienen altos niveles de lignocelulosa, sustancia abundante en la naturaleza. Ellos constituyen una fuente renovable de celulosa, que puede ser convertida a etanol por hidrólisis enzimática. La hidrólisis de la celulosa está mediada por endoglucanasas y celobiohidrolasas. El objetivo de este trabajo fue desarrollar cebadores degenerados para amplificar el gen que codifica la enzima celobiohidrolasa I. Para ello, fueron utilizadas las siguientes herramientas bioinformáticas: T-coffee versión_8.14, NEBcutter V2.0, FastPCR V6.0 y la base de datos GenBank. Once secuencias aminoacídicas correspondientes a celobiohidrolasas I de basidiomicetos fueron obtenidas de la base de datos y alineadas usando T-coffee. Luego de reconocer las regiones conservadas y examinar el código genético, se diseñaron cuatro cebadores degenerados, los cuales fueron evaluados con el programa Fast-PCR. Con el objetivo de una clonación posterior, se usó NEBcutter para realizar el análisis de secuencias de restricción in silico. Las secuencias correspondientes a las enzimas NcoI y SpeI fueron adicionadas a los cebadores sentido y anti-sentido respectivamente.