SECUENCIACIÓN Y ENSAMBLADO DEL GENOMA DE ERAGROSTIS CURVULA A FIN DE IDENTIFICAR GENES RELACIONADOS CON EL MODO REPRODUCTIVO Y CALIDAD DEL FORRAJE

CARBALLO J; GARBUS I; ALBERTINI E; SELVA JP; SANTOS BACM; CACCAMO M; ECHENIQUE V

Bahía Blanca

Simposio; XI SIMPOSIO NACIONAL DE BIOTECNOLOGÍA; 2017

Eragrostiscurvula (pastollorón) es una gramínea C4 originaria del sur de África, adaptada a suelosarenosos y muy tolerante al estrés por sequía. Posee diferentes niveles deploidía, desde 2x hasta 8x con x=10. Los individuos diploides son sexualesmientras que los tetraploides pueden ser sexuales o apomícticos con diferentesporcentajes de sacos sexuales. Los genes querevisten mayor interés en E. curvulason los relacionados con calidad de forraje, resistencia a estrés abiótico yprincipalmente los genes presentes en la región condicionante de la apomixis.Contar con una secuencia genómica de buena calidad que permita dilucidar laarquitectura de esta gramínea constituye un paso fundamental para obtener uncatálogo completo y ordenado de genes de esta especie.Para llevar acabo este propósito, ha sido seleccionado el cultivar diploide Victoria(2n=2x=20, ~1200Mb), obtenido a partir de la reducción del número decromosomas por cultivo in vitro de inflorescencias del cv. apomícticoTanganyika (2n=4x=40). La secuenciación de ADN de alta calidad fue realizada mediante la tecnología deúltima generación PacBio sequel system. Este sistema permite la obtención delecturas largas, las cuales luego de la corrección y ensamblado genera un altogrado de contigüidad y una precisión mayor a 99.99%. El resultado de lasecuenciación de 2 librerías, una con protocolo de 10 kb y otra de 20 kb,arrojó 6.223.627 y 3.309.811 lecturas respectivamente, con una cobertura delhaplotipo de 90X. El ensamblado se realizó en NIAB Cambridge RU, utilizandodistintos softwares, siendo Falcon el que mayor performance tuvo con un N50 de380026 pb y 3.118 contigs cubriendo más del 95% del tamaño estimado del genoma.Estos resultados fueron analizados con el software BUSCO para determinar lapresencia de genes con una única copia ortólogos a especies relacionadas,contando con más de 97% de los genes.El alto grado de contigüidad del genomay el contenido de un gran porcentaje de los genes nos permite no solo laidentificación de genes relacionados con el modo reproductivo y la calidad deforraje, si no también utilizarlo como punto inicial para la secuenciación demateriales tetraploides más complejos.