CARACTERIZACIÓN FILOGENÉTICA DEL VIRUS SARS-COV-2 EN EL NORESTE ARGENTINO

VERA CANDIA GABRIEL; BADANO INÉS; PERESON MATIAS JAVIER; DI LELLO FEDERICO

Corrientes

Congreso; Congreso Argentino de Genetica; 2022

Sociedad Argentina de Genetica

El SARS-CoV-2 es un virus envuelto de ARN de cadena simple y polaridad positiva de ~30kb de longitud. Su origen y dispersión en el año 2019 (Wuhan, China) provocó la primera pandemia por coronavirus que continúa en la actualidad y que lleva acumulados más de 280 millones de casos y 5,4 millones de muertes en el mundo. La caracterización filogenética de SARS-COV-2 se ha vuelto indispensable como herramienta de caracterización, monitoreo, y para la toma de decisiones sanitarias. El consorcio PAIS es la principal fuente de información filogenética para la Argentina, sin embargo, los datos para la región del noreste argentino (NEA) son aún escasos.El objetivo del trabajo fue la caracterización filogenética de SARS-CoV-2 en el NEA, para describir la circulación de linajes y su probable origen geográfico.Se utilizaron 149 genomas completos disponibles en GISAID para el NEA al 14/8/2021 y depositados por el Consorcio PAIS. Para cada uno de ellos se incluyeron secuencias con el mejor score de alineamiento por BLAST, seleccionadas de provincias y países limítrofes y con co-circulación temporal (n=2007). Los alineamientos se realizaron en MAFFT v.7 y los modelos evolutivos se seleccionaron con ModelFinder de acuerdo con criterio de Información Bayesiano. Los árboles se construyeron por Máxima verosimilitud en IQ-TREE v1.6.12 (Ultrafast bootstrap10.000 réplicas).Se identificaron cinco variantes y 15 linajes: Épsilon (B.1.427), Zeta (P.7), Alpha (B.1.1.7), Lambda (C.37), Gamma (P.1, P.1.2), B.1, B.1.247, B.1.499, B.1.1.28, B.1.1.33, B.1.1.348, B.1.1.519, N.5, P.2. Los linajes B.1 y B.1.499 predominaron durante la primera ola de contagios, mientras que, P.1 y N.5 lo hicieron durante la segunda ola. Respecto al origen y dispersión, se identificaron tres patrones principales: 1) local: B.1 en Chaco; 2) regional: N.5 para la Argentina; 3) internacional: P.1 en Misiones y Formosa, donde se identificó un marcado componente de muestras de Brasil y Paraguay que podrían ser atribuidos a los pasos internacionales de estas provincias (no se muestra en la figura).Los patrones descriptos presentaron correlación con los datos epidemiológicos disponibles.