OPTIMIZACIÓN DEL GENOMA DE PACÚ

MASCALI, F.C.; POSNER, V.M.; MASTROCHIRICO FILHO, V.A.; HASHIMOTO, D.T.; VILLANOVA, G.V

Simposio; VII Simposio Argentino de Ictiología; 2022

Piaractus mesopotamicus, conocido popularmente como pacú, es un pez de agua dulce deelevado interés comercial para los países de nuestra región. Para afrontar la escasez dedatos genómicos disponibles, recientemente ensamblamos de novo los primeros genomas(un macho y una hembra) a partir de secuenciación de segunda generación, utilizando latecnología Illumina. Sin embargo, los genomas obtenidos están altamente fragmentadosdadas las limitaciones de los datos utilizados. Por ello, en este trabajo nos propusimosoptimizar dichos genomas. A partir de ADN de una hembra, obtuvimos secuencias largas dealta calidad con la tecnología de PacBio HiFi. Con el programa Cutadapt eliminamos el 0.2%de lecturas con adaptadores, y a las restantes las ensamblamos de novo con el programahifiasm. Luego, con el programa Chromonomer y datos de un mapa de ligamiento de altadensidad de SNPs, pudimos lograr un genoma con los 27 grupos de ligamiento. El mismocontiene 1.27 Gb, y su análisis de calidad con el programa BUSCO indica un 97.9% desecuencias completas. Esta versión logra mejorar ampliamente la versión previa delgenoma. Actualmente estamos avanzando en la anotación y en la comparación de genomasde macho y de hembra. La información obtenida será útil para el conocimiento de la especiey para el desarrollo de herramientas para su producción.