Validación de un ensayo simplificado para la detección cualitativa temprana de 3 genes del Virus SARS-CoV-2, utilizando técnicas genómicas de amplificación isotérmica (LAMP-PCR)

BARRERA G.I.; SAAVEDRA A.; TALIA J.M.; LACAZE M.A.; ROSALES E.; AGUILERA L.; QUIROGA S.; FERNÁNDEZ J.G.; TORRES J.; MARINO C.; FERNÁNDEZ BALDO, M.A.; RINALDI TOSI M.

San Luis

Jornada; 1ras Jornadas de Investigación para la Salud; 2022

Ministerio de Salud, Gobierno de San Luis

El Virus SARS-CoV-2, causante de COVID-19, generó una gran preocupación global, dada surápida propagación mundial y la posible progresión fatal. El diagnóstico rápido y preciso, resultóun factor determinante para controlar la propagación y el aislamiento temprano de lospacientes. El elevado costo de equipamiento y reactivos restringió el diagnóstico solo alaboratorios especializados. Nuestro objetivo fue desarrollar y validar un ensayo deamplificación isotérmica, que presenta ciertas ventajas frente a los métodos diagnósticostradicionales, resulta más simple, rápido, económico y versátil, manteniendo la especificidad ysensibilidad de las técnicas genómicas. Para este trabajo, se diseñaron cebadores dereconocimiento específicos para 3 genes del virus (genes E, N y Orf1ab) y también un gen control(RNasa P). Para el ensayo de verificación se utilizaron un total de 19 Muestras del biobanco dellaboratorio de salud pública de la provincia de San Luis. Las muestras de ARN fueron purificadasde forma automatizada utilizando equipamiento Marca: BIOER Modelo: GenePure Pro 32 yanalizadas previamente por método de amplificación genómica de Reacción en Cadena dePolimerasa en tiempo real (RT-qPCR) estandarizadas en una reacción dúplex usando cebadorespara la detección simultanea de SARS-CoV-2 (gen E) y un control interno (RNAsa P humana)(canal FAM: 470-510nm y Cy5: 610-670nm, respectivamente). Todas las muestras fueronobtenidas previamente de hisopados nasofaríngeos, caracterizadas como muestras Positivas yNegativas y el material genómico conservado en ultrafreezer a -80°C. De las 19 muestras totales,1 fue utilizada como control negativo y las 18 restantes fueron utilizadas como controlesPositivos para el ensayo. Además, se utilizó un control de reactivos NTC (No template control)sin el agregado de la muestra, utilizando agua ultra pura en su reemplazo. Nuestros resultadosdemostraron que de las 18 muestras positivas evaluadas 11 (61,11%) reconocieron a los 3 genesestudiados, 5 muestras (27,77%) reconocieron 2 de los genes, y 2 muestras (11,11%)reconocieron al menos 1 gen del Virus. Teniendo en cuenta la totalidad de los ensayos ycontroles realizados, el método presentó una efectividad del 88,75% de los genes evaluados deforma individual y del 100% evaluados de manera conjunta. Concluimos que todas las muestraspositivas estudiadas (100%) fueron capaces de reconocer al menos 1 de los 3 genes del Virusestudiados por lo que este ensayo resulta un candidato idóneo para el desarrollo de un kit diagnóstico.