Detección no supervisada de grupos biológicamente robustos en datos de expresión de ARN en célula única

BERARDINO, ARIEL; CHERNOMORETZ, ARIEL; VERCESI, MARIA LUZ; VEGA WAICHMAN, TOMAS; GIACOMINI, DAMIANA; RASETTO, NATALI BELEN; SCHINDER, ALEJANDRO

Congreso; 106 Reunion de la Asociacion de Fisica Argentina; 2021

Asociacion Fisica Argentina

Las técnicas de secuenciación de ARN de célula única permiten caracterizar al conjunto de genes que se encuentranactivos en una célula para un ensamble de decenas de miles de células en un mismo ensayo. A partir de estos datos,las estructuras reconocidas en variedades de baja dimensión dan lugar a la imagen de paisajes transcripcionales,que permiten explorar la variabilidad celular, identificar nuevos tipos celulares y descubrir vías de desarrollo aniveles moleculares. Sin embargo, la detección de patrones en la escala adecuada para revelar la biología relevanteno es una tarea fácil. Por lo general, la curación manual es necesaria para identificar la resolución correcta en laque las células deben agruparse. En este estudio preliminar, proponemos un método no supervisado que aprovechala información biológica para descubrir grupos de células con significado biológico. Utilizando nuestra metodologíaen un conjunto de datos público y anotado (Hochgerner2018), mostramos que el procedimiento no supervisadopropuesto produce resultados sólidos y puede recapitular el tipo de célula anotado proporcionado por los autoresde la publicación original.