INVESTIGADORES
AMADIO Ariel Fernando
capítulos de libros
Título:
Solid Run Analysis
Autor/es:
AMADIO AF
Libro:
Manual Prático-Teórico: Sequenciamento, Montagem e Anotaçao de Genomas Bacterianos
Editorial:
Suprema
Referencias:
Lugar: Minas Gerais; Año: 2011; p. 75 - 81
Resumen:
Por muitos anos, a montagem de sequéncias foi baseada no uso de um algoritmo para overlap-layout-consesus (PEVZNER et al., 2001). Esta abordagem foi bem-sucedida nas leituras de sequenciadores de capilares. Com o advento das novas tecnologias de sequenciamento (NGS), que produzem leituras mais curtas, mas com maior redundancia, essa abordagem não é viável devido ao custo computacional do grande número de alinhamentos necessários. A abordagem para a montagem de novo propõe mudanca no algoritmo que permita a sua aplicação no tempo e o poder da computação. Os programas usam os chamados gráficos de de Bruijn. A particularidade da tecnologia SOLiD é o seu sistema calling de bases, chamada de color-space (http://solid.appliedbiosystems.com). Essa tecnologia permite aumentar a confiança de cada base, mas gera novos desafios ao uso de ferramentas projetadas para o alinhamento de sequências.
