Artificial microRNAs as antiviral strategy to FMDV: structural implications of target selection.

GISMONDI MI; XOANA P. ORTIZ; ANABELLA P. CURRÁ; SEBASTIÁN ASURMENDI; OSCAR ALBERTO TABOGA

JOURNAL OF VIROLOGICAL METHODS

ELSEVIER SCIENCE BV

Lugar: Amsterdam; Año: 2014 vol. 199 p. 1 - 10

0166-0934

RNA  interference  (RNAi)  appears  as  a  promising  strategy  to  control  virus  replication.  While  the  antiviralpower  of  short-hairpin  RNAs  or  small-interfering  RNAs  against  FMDV  has  been  demonstrated  widely,safer  RNAi  effectors  such  as  artificial  microRNAs  (amiRs)  have  not  been  evaluated  extensively.  In  thiswork,  transgenic  monoclonal  cell  lines  constitutively  expressing  different  amiRs  targeting  FMDV  3Dcoding  region  or  3UTR  were  established.  Certain  cell  lines  showed  an  effective,  sequence-specificamiR-mediated  silencing  activity  that  was  accomplished  by  degradation  of  the  target  mRNA,  as  demonstrated  in  co-transfection  experiments  of  reporter  genes  fused  to  FMDV  target  sequences.  However,FMDV  replication  in  these  amiR-expressing  cells  was  affected  barely.  Experiments  aimed  at  elucidatingthe  cause  of  RNAi  failure  demonstrated  limited  accessibility  of  the  targeted  region  in  the  molecular  environment  of  the  viral  RNA.  Since  RNAi  is  mediated  by  large-dimension  silencing  complexes  containing  thesiRNA  and  not  simply  by  a  linear  oligonucleotide,  we  propose  that  target  selection  should  consider  notonly  the  local  RNA  structure  but  also  the  global  conformation  of  target  RNA.