Comparación de medidas de distancias entre perfiles RAPD

BRUNO, C.; BALZARINI, M.; DI RIENZO, J.

Basic and Applied Genetics

SOCIEDAD ARGENTINA DE GENÉTICA

Lugar: Buenos Aires; Año: 2003 vol. 15 p. 29 - 32

1666-0390

El objetivo de este trabajo es comparar distintas medidas que pueden ser utilizadas para estimar distancias entre individuos usando perfiles de marcadores RAPD. Se trabaja con distancias obtenidas desde la transformación de índices de similitud para datos binarios. A modo de ilustración se compara 8 aislamientos de Fusarium moniliforme afectando cultivos de sorgo en Argentina, mediante los patrones de bandas producidos por un primer que produce marcadores RAPD. Se construyen matrices de distancias entre individuos utilizando 16 métricas diferentes y se evalúa la congruencia entre las configuraciones producidas por el escalamiento multidimensional de esas matrices. La información relevante para establecer distancias entre dos observaciones multivariadas binarias (perfiles de marcadores RAPD) se encuentra en los conteos designados como a, d, y (b+c) asociados respectivamente con los eventos de co-presencia, co-ausencia y polimorfismo de productos de amplificación en cada sitio del genoma que se está comparando. Se concluye que las medidas de distancia estudiadas conforman los siguientes conglomerados: Grupo A (asimétrico en a yd): Jaccard, Occhiai, Anderberg, Dice, Braun-Blanquet, Kulczynski, Sokal&Sneath3; Grupo B (simétrico en a y d): Emparejamiento Simple, Hamman, Roger-Tanimoto y Sokal&Sneath1; Grupo C (multiplicativo en a y d): coeficiente Phi, Sokal&Sneath2 y Yulle&Kendall y Grupo D: Emparejamiento Positivo y Excoffier. Las medidas del grupo A son recomendadas para comparar los perfiles RAPD de dos individuos.