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El estudio analiza el proceso de sucesión de la comunidad perifítica en las fracciones bacteriana, algal y de protozoos, durante los períodos limnológicos de aguas bajas y aguas altas en el sistema lagunar de Yahuarcaca, ubicado en la llanura aluvial del río Amazonas (Leticia, Colombia). Cada 12 h, durante tres días, fueron recolectadas tres láminas de acetato por ambiente (región limnética y entre los macrófitos). El proceso de colonización bacteriana para el período de aguas bajas inició a las 12 h con valores de 2,98 x 106 ? 1,84 x 106 cel/ml;a las 36 y 48 h con 6,36 x 106 ? 6,16 x 106 cel/ml y finalizó con un descenso de 2,57 x 106 ? 1,32 x 106 cel/ml a las 72 h. Para el período de aguas altas se presentó un aumento en la densidad de este componente con valores iniciales de 1,55 x 107 ? 8,54 x 106 cel/ml. En la primera etapa de colonización algal predominaron los géneros bidimensionales. En la segunda etapa Gomphonema aff., G. gracile, Melosira varians y Pinnularia sp.; y en la última fase se encontraron especies como Fragillaria aff. intermedia, F. aff. ulna,Aulacoseira varians, Oedogonium sp., Ulothix sp. y Nostoc sp. Entre los protozoos, los primeros colonizadores fueron los flagelados, seguidos de los ciliados bacteriófagos de vida libre que dieron paso a los ciliados fijos (tipo vorticélidos). La temperatura y la conductividad fueron las variables que presentaron mayor relación con la fracción algal, al contrario de lafracción bacteriana, que dominó al inicio del proceso. Para los protozoos, el pH fue el factor que más influyó en la presencia y abundancia durante la sucesión, presentando dominancia hacia las horas finales durante los dos períodos limnológicos. La disminución y aparición de nuevas especies de algas hacia las horas finales del proceso de colonización, evidenciaron un cambio en la estructura del perifiton y una sucesión de la comunidad en un lapso de 72 h paraeste sistema de la Amazonia colombiana.