Perfect repeats in the human genome, an exhaustive but efficient computation

VERÓNICA BECHER

Watson Research, Newy York

Otro; Seminar IBM Life Science; 2009

IBM Life Science, Watson Research

Título : Repeticions perfectas en el genoma humano,         un cómputo exhaustive pero eficienteSe sabe bien que el 95% del genoma de las especies eucariotas consiste de secuencias nocodificantes, en su mayor parte repetitivas. El problema es encontrarlas, caracterizarlasy comprender su función. Ya se avanzó mucho en identificarlas en el genoma humano, y enlos de otras especies. Sin embargo, falta un análisis cuantitativo exhaustivo. Ladificultad es que las repeticiones tienen largo arbitrario,  y pueden estararbitrariamente distantes. Y los genomas son muy muy grandes.Con el grupo Kapow desarrollamos un nuevo algoritmo, particularmente eficiente, paracomputar todas las repeticiones perfectas en secuencias de hasta 500 millones denucleótidos. Esto permite incluir uno o más cromosmomas enteros conjuntamente.En esta charla contaré el experimento que hicimos con el genoma humano: Computamos todas las repeticiones perfectas de longitud mayor que 40 bases, tanto las que ocurren en uncromosoma individual como las que ocurren conjuntamente en dos cromosomas. Dimosestadísticas de cantidad, diversidad y frecuencia, mostramos como las repeticiones estándistribuidas en los cromosomas, las identificamos biológicamente, y encontramosrepeticiones que  actualmente no figuran en las bases de datos disponibles. Y paramostrar los resultados hicimos dibujos con lindos colores. Los mostraré y estaréencantada de que hagan muchas preguntas.Verónica BecherGrupo KapowDepartamento de ComputaciónFacultad de Ciencias Exactas y NaturalesUniversidad de Buenos Aires & CONICEThttp://kapow.dc.uba.ar