Ocurrencia de intrones del grupo II en metagenomas marinos de distinta procedencia.

NAPOLITANO, N.; VÁZQUEZ, SUSANA; SJÖLING, SARA; LUNDGREN, LEIF ; DIONISI, HEBE M.; LOZADA, MARIANA; JANSSON, JANET K.; MACCORMACK, WALTER; QUIROGA, CECILIA

Ciudad Autónoma de Buenos Aires

Congreso; III Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental (CAMAYA 2015).; 2015

Asociación Argentina de Microbiología

p { margin-bottom: 0.25cm; direction: ltr; line-height: 120%; text-align: left; widows: 2; orphans: 2; }p.western { font-size: 12pt; }p.cjk { font-size: 12pt; }p.ctl { font-size: 12pt; }Los intrones del grupo II son enzimas de ARN oribozimas que se encuentran ampliamente distribuidas en plantas,hongos, algas y bacterias. Estas ribozimas poseen diversasactividades, tales como splicingy movilización mediante un intermediario de ARN. Para lograr suforma activa óptima, el ARN de la ribozima se une a su cofactor,denominado IEP. Estos intrones invaden específicamente un genoma,función que depende de la estructura secundaria del ARN como de lapresencia de su cofactor. La proteína IEP permite clasificar a losintrones del grupo II en diversas clases: de cloroplasto (Cl1 y Cl2),mitocondrial (Ml) y bacteriano (A a F). Los intrones del grupo II dela clase C se caracterizan por insertarse eficientemente upstreamde terminadores transcripcionales o en los sitios de recombinaciónattC delos cassettesde resistencia a antibióticos. Estudios previos demostraron que alinvadir genomas de patógenos bacterianos algunos intrones de laclase C colaboran con la multirresistencia antibiótica. Por otrolado, se postuló que intrones de la clase C se encontraríanformando parte de genomas de bacterias marinas. El objetivo de estetrabajo fue evaluar la ocurrencia de las distintas clases de intronesdel grupo II en metagenomas marinos y determinar qué elementosdentro de esta familia de ribozimas son los más exitosos. Para ello,se analizaron 11 metagenomas de sedimentos marinos, 6 de ellosprocedentes de Caleta Potter, Isla 25 de Mayo (Rey Jorge), Antártida,y 5 del Mar Báltico en Vartahamnen,Suecia. La detección de las ribozimas serealizó mediante la búsqueda de homólogos de la proteína IEPusando 10 secuencias de referencia, que representan todas las clasesde intrones del grupo II conocidas. Como primer paso se elaboró unalgoritmo en el cual se incorporaron como filtros de exclusión une-valuemayor a -40 y un porcentaje de identidad superior a 35, de forma talde garantizar la detección de todos los intrones presentes en lasmuestras. Este análisis resultó en la detección de 199 candidatosen los metagenomas de Antártida y 307 en los metagenomas del MarBáltico. Análisis filogenéticos usando los métodos deneighbor-joiningy máxima verosimilitud con el programa MEGA V6.0 mostraron que losintrones de la clase C fueron las ribozimas más abundantes tanto ensedimentos marinos de Antártida (28%) como del Mar Báltico (35%).Por el contrario, se observó una escasa o nula presencia de intronesde las clases A, B, o Ml en ambos nichos. Asimismo, este estudiopermitió evidenciar que existen al menos 10 nuevas clases deintrones del grupo II, capaces de invadir nuevas regiones de ungenoma.