Detección temprana y eficiente de variantes Delta y Ómicron de SARS Cov-2 mediante tamizaje por RT-qPCR

MARÍA JIMENA MANZUR; CAMPOS LUDMILA; ARIAS JOSÉ LUIS; LEPORATI MARIANELA; JURI AYUB MAXIMILIANO

Bioquímica y Patología Clínica (ByPC)

Asociación Bioquímica Argentina (ABA)

Año: 2022 vol. 86 p. 33 - 38

1515-6761

Introducción: Durante la pandemia de enfermedad por coronavirus de 2019 (COVID-19, por sus siglas en inglés), el surgimiento de las llamadas variantes de preocupación ha sido un problema recurrente. La secuenciación genómica es la herramienta de referencia para la identificación de nuevas variantes, así como para detectar la circulación de las ya conocidas. Sin embargo, la capacidad del sistema de vigilancia genómica es limitada y se requieren estrategias de tamizaje previo para la selección de muestras. Objetivos: Diseñar, validar y aplicar estrategias de transcripción reversa acoplada a reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RTqPCR, por sus siglas en inglés) para el tamizaje de variantes delta, ómicron y la emergencia de posibles nuevas variantes. Materiales y Métodos: Se diseñaron oligonucleótidos específicos (primers y sondas) que permiten discriminar entre las diferentes variantes de SARS-Cov-2, al hibridar con regiones correspondientes a deleciones específicas. Se emplearon ensayos de amplificación y melting de sondas fluorescentes y se validaron con muestras de diferentes variantes de preocupación. Resultados: Los ensayos permitieron identificar variantes de preocupación de manera rápida y eficiente, empleando metodologías estándar en laboratorios de diagnósticomolecular. La asignación de variantes con este método coincidió completamente con los datos provenientes de la secuenciación. Conclusiones: Los protocolos validados en este trabajo posibilitaron la detección temprana de variantes delta y ómicron en la provincia de San Luis, así como en otras jurisdicciones donde se transfirió la metodología.