Puesta a Punto de la Técnica ddRADseq para el Desarrollo de Marcadores Moleculares en Caña de Azúcar

AGUIRRE, NATALIA CRISTINA; NORMA BEATRIZ PANIEGO; MOLINA, CATALINA; ANDREA FABIANA PUEBLA; ALBERTO ACEVEDO; VERA PABLO A.; MARCUCCI POLTRI, SUSANA NOEMÍ

modalidad virtual

Encuentro; IV Reunión Conjunta de Sociedades de Biología de la República Argentina, ?Nuevas Evidencias y Cambios de Paradigmas en Ciencias Biológicas?; 2020

La caña de azúcar (Saccharum spp.) es un cultivo poliploide y aneuploide, con un tamaño de 10 Gpb aproximadamente. El nivel de ploidía es el resultado de la convergencia de, por lo menos, 5 especies fundadoras. La utilización de herramientas genómicas resulta promisoria para brindar recursos necesarios para el desarrollo de materiales para uso bioenergético. En el presente trabajo se estableció una metodología para desarrollar marcadores moleculares de tipo polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). Se trabajó con 4 cultivares comerciales (NA 78-724, LCP 85-384, HOCP 92-665 y NA 56-30), un biotipo de alta fibra (INTA 2005-3116) y un cultivar de sorgo azucarado (cv Wiley). Se aplicó un protocolo de ddRADseq, utilizando las enzimas Pst I y Mbo I. Para las muestras se obtuvo un porcentaje similar de alineamiento con cada uno de los dos genomas de referencia comparados (caña de azúcar: cv R570 y sorgo bicolor: BTx623 v 3.0). El 50% de las lecturas limpias alinearon al genoma monoploide de la caña de azúcar cv R570, de las cuales el 40% lo hizo exactamente una vez. Usando el genoma de sorgo BTx623 v 3.0 como referencia, la tasa de alineamiento fue del 30%, de estos el 25% mapeó de forma única. La cantidad de SNPs identificados por cromosoma en caña fue heterogénea. El cromosoma 1 acumuló 17000 variantes, seguido de los cromosomas 3, 2 y 4 que acumularon entre 15000 y 10000 SNPs, y los cromosomas 6, 9 y 10 que acumularon entre 10000 y 7000 SNPs. Los cromosomas con menos variantes polimórficas fueron el 5 y el 8, con 5000 cada uno aproximadamente. La sustitución más frecuente fue de una C por una T y de una G por una A (20% cada una), seguida de A por G y T por C. La variación en la cantidad de SNPs fue directamente proporcional a la cantidad de genotipos analizados, siendo mayor con 5 muestras analizadas. Al incluir una sexta muestra, el número disminuye, lo cual era de esperar considerando que 5 muestras son de caña de azúcar y una es sorgo. Este estudio demuestra la relevancia y factibilidad de desarrollar marcadores moleculares de tipo SNP, con la utilización de protocolos de ddRADseq en caña de azúcar, para asistir al programa de mejoramiento genético.