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La determinación de las secuencias genéticas en forma automatizada, aliada al uso de la bioinformática es un instrumento valioso para construir los bancos de datos genéticos necesarios para el establecimiento de los parentescos entre las cepas existentes y emergentes de forma tal que permita trazar los caminos evolutivos del agente. En este seminario se presentó la constitución de la base de datos genéticos de las cepas del Virus de la Fiebre Aftosa de relevancia epidemiológica en el continente. Las comparaciones pareadas de estas secuencias han permitido la construcción de los árboles filogenéticos, considerando los supuestos evolutivos pertinentes Los análisis filogenéticos han demostrado que, en todos los casos, las cepas pertenecen a virus endógenos del continente para los tres serotipos actuantes (O, A y C). Particular atención se le ha dado a las relaciones filogenéticas que se establecieron para los virus responsables de las emergencias surgidas en áreas ya declaradas libres de fiebre aftosa. Estos estudios demostraron que todas las variantes tipo O y A, aisladas durante las emergencias en el cono sur de América del Sur entre los años 2000?2006 se agrupan en un único linaje dentro de cada tipo y muestran valores de semejanza genética de por lo menos 90 % entre ellas. También han permitido descartar un origen vacunal de los focos. Asimismo, ha sido posible establecer que las cepas actuantes en el cono sur no se relacionan genéticamente con aquellas aisladas en la región andina, reflejando dos circuitos pecuarios independientes. Las variantes aisladas en la región andina no se restringen a linajes genéticos únicos. Estos estudios filogenéticos también acompañaron la reaparición del virus C en Amazonas, Brasil, en el año 2004 y resultaron de fundamental importancia para establecer que el brote se originó por cepas endógenas del Continente y no relacionada con la cepa usada en la producción de vacuna.

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