Análisis masivo de variantes genéticas en leucemia linfocítica crónica.

CAMILA GALVANO; MARIA DEL ROSARIO ANADON; CARMEN STANGANELLI ; MARTIN LEDESMA; BEZARES R; DE STEFANO; MIODOSKI M; ENRICO A; CUGLIARI M; ARIELA FUNDIA; IRMA SLAVUTSKY

Congreso; XXVI Congreso Argentino de Hematología; 2023

Introducción: La introducción de las nuevas tecnologías de análisis masivo constituye unimportante avance en el conocimiento de las bases genéticas de la leucemia linfocíticacrónica (LLC), habiendo permitido el hallazgo de nuevos genes y variantes genómicas derelevancia en la patología. Entre estas nuevas metodologías, las plataformas demicroarrays de ADN se han empleado para definir marcadores de susceptibilidad a laLLC. Sin embargo, a nuestro conocimiento no se investigaron variantes de riesgo convalor pronóstico.Objetivo: Evaluar mediante el análisis de microarrays la presencia de variantes denucleótido único en genes asociados al pronóstico de la LLC, tendiente a identificarfactores genéticos responsables de la variabilidad en la evolución clínica de los pacientes.Materiales y métodos: Se analizaron retrospectivamente 39 pacientes con LLC (26hombres, 13 mujeres; edad media: 67,9 años, rango: 53-86 años; estadios Rai: 0: 9,4%, I-II: 62,5%, III-IV: 28,1%) y 8 controles (4 hombres, 4 mujeres; edad media: 64,1 años,rango: 56-88 años). Se efectuó extracción de ADN utilizando el kit Wizard™ GenomicDNA Purification (Promega, USA), según el protocolo del fabricante. Para el análisis demicroarrays se empleó la plataforma de Illumina Infinium Global Screening Array-24 v2.0(GSA-array), que evalúa 665608 variantes. Se aplicó un algoritmo de aprendizajeautomático supervisado de selección de características (Binary discriminant análisis-BDA)para seleccionar las variantes por su capacidad para discriminar los grupos, considerandocomo significativas las variantes con un t.score > 3 o < -3. Las mismas se corroboraronmediante un análisis de componentes principales. Se realizó la evaluación estadísticaconsiderando los modelos genéticos de penetrancia (aditivo, recesivo y dominante) con elsoftware SNPStat. Las características genéticas de la patología se compararon con el testde χ2 o exacto de Fisher. Se consideró como estadísticamente significativo un p<0,05. Elestudio fue aprobado por el Comité de Ética Institucional. Todos los individuosproporcionaron su consentimiento informado.Resultados: Los pacientes fueron divididos en dos grupos: pronóstico favorable (PF) oadverso (PA), teniendo en cuenta sus características genéticas. La evaluación delcariotipo, FISH y el estado mutacional de IGVH mostró diferencias significativas entreambos grupos (p≤0.025). A partir del análisis bioinformático se identificaron 107 variantessignificativamente representadas en el grupo de PF y 65 en el de PA, comparando enambos casos respecto de los controles. Se seleccionaron 19 variantes en genespotencialmente asociados a la patología, teniendo en cuenta su función (Tabla). Elanálisis comparativo de las mismas entre ambos grupos de pacientes reveló asociaciónentre el genotipo DHX16 rs1076829-CC y buena evolución clínica según el modelorecesivo (OR: 0.09; IC95%: 0.01-0.86; p=0.014). Por otra parte, el modelo dominantemostró asociación entre los genotipos EI24 rs550276-AG/GG, AK4 rs12074520-AA yFGFR4 rs1966265-AA con un riesgo incrementado de evolución clínica desfavorable (OR:6,35, IC95%: 1,19-33.87, p=0.02; OR: 6,67; IC95%: 1,075-50; p=0.028 y OR: 6.67;IC95%: 1,41-3,33; p=0.012, respectivamente).Conclusiones: A nuestro conocimiento, el presente constituye el primer estudio masivoen LLC mediante GSA-array, cuyo análisis preliminar mostró que las variantes en losgenes DHX16, EI24, AK4 y FGFR4, no asociados previamente a la patología, estaríanrelacionados a la evolución clínica de la enfermedad. Estos resultados indican laimportancia de seguir profundizando el análisis molecular de la LLC a fin de comprendermejor su complejidad genética.