Estudios post-genómicos en Trypanosoma cruzi: Desarrollo de algoritmos de curado, clasificación y caracterización de familias multigénicas

CEPEDA DEAN ALDANA ALEXANDRA; BUSCAGLIA, CARLOS A.; BALOUZ, VIRGINIA

CABA

Simposio; XXI Simposio Internacional Mundo Sano; 2023

Mundo Sano

Introducción: Trypanosoma cruzi es el parásito protozoario causante de la enfermedad de Chagas, de gran relevancia sanitaria y socio-económica en la región. Este patógeno presenta una estructura poblacional muy compleja, compuesta por múltiples aislamientos o cepas genéticamente divergentes. El consenso actual sugiere que éstas pueden agruparse en al menos 6 linajes evolutivos, llamados TcI a TcVI, los que tienen distinta distribución eco-epidemiológica y significativas diferencias geno- y fenotípicas. La superficie celular de T. cruzi se compone de una densa capa de glicoproteínas pertenecientes a familias multigénicas complejas. Gran parte de la variabilidad entre cepas, a menudo subvalorada debido a dificultades asociadas al ensamblaje y anotación de los genomas de T. cruzi, recae en estas familias multigénicas. Así, estudios genómicos comparativos permiten observar diferencias en el dosaje génico, en la organización genómica, en los polimorfismos de secuencia e incluso en eventos de pseudogenización y de quimerización entre miembros de diferentes familias multigénicas. La familia multigénica más representada en el genoma de T. cruzi corresponde a las proteínas MASP (Mucin Associated-Surface Proteins), que codifican factores de virulencia expresados en la superficie de los estadios infectivos del parásito, contribuyendo a su capacidad para invadir distintos tipos celulares y/o a evadir el sistema inmune.Materiales y métodos: En este trabajo realizamos un exhaustivo análisis, utilizando las herramientas bioinformáticas BLAST, CLUSTALW e iTOL, y curado manual de las bases de datos de MASP de dos cepas pertenecientes a linajes divergentes de T. cruzi: Brazil A4 (TcI) y TCC (TcVI). También se desarrollaron scripts manuales de Python de clasificación de familias multigénicas, junto con el empleo de una estrategia masiva, basada en la predicción de Open Reading Frames (ORFs) de novo acoplada a nuestro algoritmo. Resultados: En ese proceso encontramos secuencias truncas, pseudogénicas y con errores de predicción. Asimismo, identificamos secuencias MASP quiméricas con genes de trans-sialidasa y mucinas y, como consecuencia, abordamos también el curado de estas dos familias multigénicas. La búsqueda de secuencias conservadas en todas estas bases de datos nos permitió identificar 19 firmas moleculares, las cuales fueron incorporadas como expresiones regulares en un algoritmo diseñado para la identificación y clasificación de miembros de la familia MASP. Más aún, el empleo de todos estos métodos nos permitió identificar no sólo nuevos miembros de esta familia sino también nuevos eventos de quimerización entre MASP y otras familias multigénicas de T. cruzi Conclusión: En conjunto, estos hallazgos y las herramientas aquí generadas sientan las bases para futuros estudios tanto funcionales como evolutivos de las familias multigénicas de T. cruzi.