Estudios post-genómicos en Trypanosoma cruzi: Desarrollo de algoritmos de curado, clasificación y caracterización de familias multigénicas

CEPEDA DEAN ALDANA ALEXANDRA; BUSCAGLIA, CARLOS ANDRÉS; BALOUZ, VIRGINIA

La Plata

Congreso; XXXIV REUNIÓN ANUAL DE LA SOCIEDAD ARGENTINA DE PROTOZOOLOGÍA; 2023

Sociedad Argentina de Protozoología

Trypanosoma cruzi, es el protozoario causante de la enfermedad de Chagas, de gran relevancia en la región. Se han descrito seis linajes evolutivos en T. cruzi (TcI a TcVI), los cuales incluyen múltiples cepas que muestran gran variabilidad genotípica. Uno de los factores que más contribuyen a la diversidad genómica de T. cruzi es la amplificación/contracción y/o diversificación de familias multigénicas importantes para la interacción con el huésped (mucinas, trans-sialidasas [TS], mucin-associated surface proteins [MASP]). Esta variabilidad, sin embargo, se encuentra subvalorada debido a dificultades asociadas al ensamblaje y anotación de los genomas de este patógeno. Usando diversas herramientas bioinformáticas, en este trabajo realizamos un exhaustivo análisis y curado manual de las bases de datos MASP de las cepas Brazil A4 (TcI) y TCC (TcVI) de T. cruzi. En ese proceso encontramos múltiples genes anotados como MASP que en realidad corresponden a secuencias truncas, con errores de predicción, o pseudogenes. Asimismo, identificamos secuencias quiméricas de MASP con TS y mucinas, por lo que también generamos bases de datos curadas para estas familias génicas. Todas estas herramientas nos permitieron identificar 19 firmas moleculares, las cuales fueron incorporadas como expresiones regulares en un algoritmo diseñado para la identificación automática y clasificación funcional de miembros de la familia MASP. Más aún, el empleo de una estrategia masiva, basada en la predicción de Open Reading Frames de novo acoplada a nuestro algoritmo, nos permitió rectificar la anotación de MASP en distintos genomas de T. cruzi, hacer estudios comparativos no sesgados entre cepas e incluso identificar nuevas secuencias MASP de esos genomas, incluyendo genes funcionales, pseudogenes y quimeras. En conjunto, estos hallazgos y las herramientas aquí generadas sientan las bases para futuros estudios tanto funcionales como evolutivos de las familias multigénicas de T. cruzi.