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La estructura y el funcionamiento de las lagunas pampeanas pueden explicarse por su geomorfología, régimen climático, drenajes ubicados en suelos naturalmente ricos en nutrientes ypor las modificaciones humanas en el uso de la tierra y el agua. Es posible caracterizarlas sintéticamente como lagos de llanura, someros, polimícticos, eutróficos o hipertróficos, y con tiempo de permanencia del agua y salinidad altamente variables. Estas características explicarían la elevada biomasa de sus comunidades bióticas. Un análisis sincrónico, durante el pico de la estación de crecimiento, nos permitió discriminar tres tipos dentro de las grandes lagunas de carácter permanente: lagunas con biomasa del fitoplancton relativamente baja y abundante desarrollo de las macrófitas acuáticas, lagunas con abundante desarrollo del fitoplancton pero escaso desarrollo de la macrofitia, y lagunas con alta turbidez inorgánica y escaso desarrollo de la macrofitia y del fitoplancton. El primer tipo coincide con lo que comúnmente se conoce como lagunas ?claras?, de aguas relativamente transparentes y alta abundancia relativa de peces piscívoros de alto porte. El segundo coincide con lagunas verdes y ?turbias?, y que generalmente presentan altas abundancias de peces planctívoros. El tercer tipo sería resultado de la acción humana directa sobre el espejo de agua o su cuenca de drenaje. La abundancia relativa de lagunas turbias es mayor en las zonas con mayor intensidad de uso de la tierra. Sin embargo,la alta variabilidad anual e interanual del paisaje pampeano se ve reflejada en el funcionamientodel ecosistema lacunar. Gran parte de las lagunas pasa por una fase estacional de aguas claras caracterizada por una alta abundancia de los cladóceros de gran tamaño, que finaliza cuando alcanza su pico de abundancia la clase 0+ de planctívoros. La compleja interacción de factores climáticos y de uso de la tierra explicaría la ocurrencia de cambios no periódicos en la tipología de una determinada laguna, fenómeno que se intensifica a medida que las lagunas disminuyen de tamaño.

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