ENSAMBLADO DE NOVO Y ANOTACIÓN DEL GENOMA DE PACÚ (PIARACTUS MESOPOTAMICUS)

FLORENCIA MASCALI; POSNER VICTORIA; DEL PAZO, FELIPE; JUAN RUBIOLO; PAULINO MARTINEZ; VILLANOVA GABRIELA VANINA

Jornada; I Jornada de ciencia y tecnología de la FCByF-UNR; 2021

La acuicultura constituye hoy en día el sector de producción de alimentos de másrápido crecimiento. El Pacú (Piaractus mesopotamicus) es uno de los principalesproductos de la producción piscícola en Argentina. A pesar de la importancia comercialde esta especie, existe poca información genética y genómica sobre la misma.Desarrollar una acuicultura sostenible desde un punto de vista ambiental y económicorequiere la comprensión de la base genética de los rasgos que limitan y/o mejoran eldesarrollo de los cultivos. La obtención del genoma de una determinada especie depez representa el punto de partida desde el cual es posible avanzar significativamenteen el estudio de otras áreas de la acuicultura como la reproducción, la salud, lanutrición, el comportamiento, la fisiología, la larvicultura y la biología molecular, entreotras.ResultadosEn este contexto, llevamos a cabo el ensamblaje de novo de un genoma de referenciapara Pacú a través de datos de secuenciación de próxima generación (NGS). El ADNgenómico fue extraído de un ejemplar macho de la especie. La preparación de unabiblioteca paired-end de 600 pb Nextera Flex, así como la secuenciación en un equipoNovaseq 6000, fueron realizadas por la empresa Illumina de San Diego (EEUU). Lacalidad de las lecturas fue analizada con el programa FastQC, y se realizó un paso depreprocesamiento para la eliminación de adaptadores y bases de baja calidad con elprograma Trimmomatic. La cobertura final fue de 77 X. Las lecturas fueronensambladas utilizando el programa VELVET. El genoma obtenido, luego de eliminarlos contigs más cortos, quedó constituido por 168755 contigs, con un N50 de 12392 pby un largo total de 1,2 Gb La completitud del genoma fue estimada utilizando elprograma BUSCO, con la base de datos del grupo Actinopterygii, lo que resultó en un58% de completitud. En cuanto a la anotación, se utilizó el programa AUGUSTUSentrenado con datos de Danio rerio para la predicción de genes ab initio. Fueronpredichos más de 50000 genes, que fueron caracterizados posteriormente conBLASTP frente a la base de datos de proteínas no redundante.ConclusionesEl genoma obtenido es el primer genoma disponible para Pacú, y constituye unavaliosa herramienta para llevar a cabo otros proyectos tanto en nuestro grupo como enla comunidad científica, con perspectivas sostenibles y de mejora en la producciónacuícola de esta especie.