INVESTIGADORES
GIRI Adriana Angelica
congresos y reuniones científicas
Título:
Estrategia para el tamizaje de subtipos y recombinantes del HIV-1 circulantes en Argentina.
Autor/es:
PEREZ, GERMÁN R.; TABORDA, MIGUEL A.; BORTOLOZZI, RAUL; GARDIOL, DANIELA; GIRI ADRIANA A
Lugar:
Buenos Aires
Reunión:
Congreso; X Congreso Argentino de Virología, III Simposio de Virología Clínica y I Simposio de Virología Veterinaria; 2011
Institución organizadora:
Asociación Argentina de Microbiología
Resumen:
En
Argentina se estima que las cepas circulantes del HIV-1 corresponden a
recombinantes BF (80%), subtipo B (20%) y casos aislados de A, C, F y
BC. La PCR en tiempo real (rtPCR), junto al análisis de curvas de
disociación (MAC), permite determinar la temperatura de disociación (Tm)
de los amplicones. Dado que la Tm depende del contenido GC, el tamaño y
secuencia del amplicón, el MAC permitiría discriminar subtipos virales.En
este trabajo describimos una estrategia para discriminar los subtipos y
recombinantes del HIV-1 circulantes en nuestra región. Se generaron
alineamientos nucleotídicos del HIV-1 para seleccionar regiones con
información filogenética para discriminar subtipos (BEAST v1.5.4) que
incluyeran zonas internas de diversidad suficiente para obtener Tm
distintas para los subtipos B y F. Se seleccionó un fragmento de 450 pb
del gen gag conteniendo una zona interna de 222 pb. Se diseñaron
cebadores para amplificar cada fragmento y se optimizaron las reacciones
de amplificación con plásmidos de referencia (fragmento 450 pb: PCR
común; fragmento 222 pb: rtPCR con agente intercalante EvaGreen). Se
analizaron 27 muestras de PBMC de individuos infectados con el HIV-1 con
ambas metodologías. Los fragmentos de 450 pb de cada paciente fueron
clonados, secuenciados y analizados filogenéticamente para conocer el
subtipo real. Los fragmentos de 222 pb se analizaron por rtPCR y MAC
para determinar la Tm empírica. Se obtuvieron Tm concordantes con los
subtipos reales determinados por filogenia en 24 (89%) pacientes [20
subtipos B, mediana Tm B= 84,0°C (DS= 0,5°C) y 4 subtipos F, mediana Tm
F= 82,1°C (DS= 0,7°C)]. Los 3 (11%) pacientes discordantes presentaron
subtipo B por filogenia y valores de Tm fuera de los rangos determinados
(Tm= 74,8°C, 83,2°C y 84,9°C). En conclusión, la estrategia descripta
es útil para el tamizaje de subtipos regionales. El análisis de otras
regiones del HIV-1 facilitará la discriminación de subtipos y
recombinantes y por lo tanto, la vigilancia genómica en la región.