INVESTIGADORES
GIRI Adriana Angelica
congresos y reuniones científicas
Título:
Estrategia para el tamizaje de subtipos y recombinantes del HIV-1 circulantes en Argentina.
Autor/es:
PEREZ, GERMÁN R.; TABORDA, MIGUEL A.; BORTOLOZZI, RAUL; GARDIOL, DANIELA; GIRI ADRIANA A
Lugar:
San Juan
Reunión:
Congreso; III Congreso Nacional de SIDA; 2011
Institución organizadora:
Sociedad Argentina Interdisciplinaria de SIDA (SAISIDA)
Resumen:
En
Argentina se estima que las cepas circulantes del HIV-1 corresponden a
recombinantes BF (80%), subtipo B (20%) y casos aislados de A, C, F y
BC. La PCR en tiempo real (rtPCR), junto al análisis de curvas de
disociación (MAC), permite determinar la temperatura de disociación (Tm)
de los amplicones. Dado que la Tm depende del contenido GC, el tamaño y
la secuencia del amplicón, el MAC permitiría discriminar subtipos
virales.En este trabajo describimos una estrategia para discriminar
los subtipos y recombinantes del HIV-1 circulantes en nuestra región. Se
generaron alineamientos nucleotídicos del HIV-1 para seleccionar
regiones con información filogenética para discriminar subtipos que
incluyeran zonas internas de diversidad suficiente para obtener Tm
distintas para los subtipos B y F. Se seleccionó un fragmento de 450 pb
del gen gag
conteniendo una zona interna de 222 pb. Se diseñaron cebadores para
amplificar cada fragmento y se optimizaron las reacciones de
amplificación con plásmidos de referencia (fragmento 450 pb: PCR común;
fragmento 222 pb: rtPCR con agente intercalante EvaGreen).
Se analizaron 27 muestras de PBMC de individuos infectados con el HIV-1
con ambas metodologías. Los fragmentos de 450 pb de cada paciente
fueron clonados, secuenciados y analizados filogenéticamente para
conocer el subtipo real (BEAST v1.5.4). Los fragmentos de 222 pb se
analizaron por rtPCR y MAC para determinar la Tm empírica. Se obtuvieron
Tm concordantes con los subtipos reales determinados por filogenia en
24 (89%) pacientes [20 subtipos B, mediana Tm B= 84,0°C (DS= 0,5°C) y 4
subtipos F, mediana Tm F= 82,1°C (DS= 0,7°C)]. Los 3 (11%) pacientes
discordantes presentaron subtipo B por filogenia y valores de Tm fuera
de los rangos determinados (Tm= 74,8°C, 83,2°C y 84,9°C).En
conclusión, la estrategia descripta es útil para el tamizaje de
subtipos regionales. El análisis de otras regiones del HIV-1 facilitará
la discriminación de subtipos y recombinantes y por lo tanto, la
vigilancia genómica en la región.