Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 con circulación comunitaria en el sur de la provincia de Santa Fe – Proyecto País

SFALCIN, JAVIER A.; FAY, CLARA; FAY, MARTINA; GALLIZZI, MARIANA; SERAVALLE, ANALÍA; CERRI, AGUSTINA; POSNER, VICTORIA; BOLATTI, ELISA M; CASAL, PABLO E; MORIENA, LUCÍA; ACOSTA, JULIÁN; CODINO, EDUARDO; MARTÍ, MARÍA BELÉN; ASUETA, ALEJANDRA; VILLARREAL, LAUREANA; BOGADO, CAMILA; PORFIRI, LUCÍA; DIAZ VIÑUELA, PAULA; BORDÓN, MILCA; MASCALI, FLORENCIA; RUEDA, EVA; CAVATORTA, ANA L.; VILLANOVA, G. VANINA; FAY, FABIÁN; GIRI, ADRIANA A; PROYECTO PAIS

Valle Hermoso

Encuentro; XLII REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL DE LA SOCIEDAD ARGENTINA DE VIROLOGÍA; 2022

Sociedad Argentina de Virología

Introducción: Desde los inicios de la pandemia de COVID-19, la evolución genética del virus SARS-CoV-2 fue un tema de constante estudio por parte de la comunidad científica. Hacia fines de 2020, se conocieron las primeras variantes de preocupación (VOC), con capacidad de generar nuevos brotes debido a sus características biológicas (mayor virulencia, contagiosidad, etc.). Dada la continua amenaza de dichas variantes sobre los sistemas de salud, es necesario su monitoreo mediante programas de vigilancia activa. En nuestro país la vigilancia de variantes es liderada por el Instituto Malbrán y por Proyecto PAIS, este último un consorcio cuyo objetivo es estudiar la evolución del SARS-CoV-2 durante la pandemia a través de la participación de diferentes nodos colaborativos distribuidos en Argentina.Objetivo: Realizar la vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 con circulación comunitaria en el sur de la provincia de Santa Fe en el marco del Proyecto PAIS.Metodología: Desde la semana epidemiológica (SE) 20 de 2021 a la 30 de 2022, se realizaron muestreos en diferentes centros de diagnóstico de SARS-CoV-2 de la ciudad de Rosario. Por cada SE, se seleccionaron entre el 1% al 10% del total de las muestras detectables para SARS-CoV-2 por RT/PCR, excluyendo las provenientes de pacientes con antecedente de viaje al exterior, sus contactos estrechos y clusters producto de una misma infección. Partiendo de ARN viral, las muestras fueron amplificadas y secuenciadas siguiendo las recomendaciones de Proyecto PAIS (http://pais.qb.fcen.uba.ar). Brevemente, se amplificó y secuenció el segmento 29 recomendado por el CDC (fragmento comprendido entre los aminoácidos S_428 y S_750 de la proteína Spike), y a partir de la combinación de mutaciones detectadas se infirieron las diferentes variantes.Resultados: Durante el período de estudio, se secuenciaron en total 1.532 muestras de pacientes con residencia en 35 ciudades del sur de Santa Fe. Se detectaron las variantes Alpha, Gamma y Lambda durante la segunda ola de COVID-19 en nuestro país. A mediados de 2021 se detectó la circulación de la variante Delta y hacia fines de 2021 comenzaron a detectarse muestras portadoras de variante Ómicron, responsables de la tercera ola de COVID-19 en Argentina. Desde entonces, circularon diferentes sublinajes de Ómicron, entre ellos BA.2, BA.2.12.1 y BA.4/BA.5, los cuales se asociaron con brotes importantes en otros países. La metodología utilizada no permitió discriminar entre BA.4 y BA.5.Conclusiones: La estrategia utilizada permitió monitorear la circulación de las diferentes VOC en el sur de la provincia de Santa Fe hasta la SE 30 de 2022, contribuyendo al sistema de vigilancia nacional, a partir del aporte de datos al Proyecto PAIS. La secuenciación parcial de la proteína S evidenció pérdida de sensibilidad en detección de los nuevos sublinajes de Ómicron, motivo por el cual desde SE 30 se realiza vigilancia genómica de variantes mediante secuenciación de genomas completos.