Identificación de nuevos coronavirus en murciélagos de Argentina por metagenómica

CERRI, AGUSTINA; BOLATTI, ELISA M; ZOREC, TOMAZ M; RIMONDI, AGUSTINA; HOSNJAK, LEA; MONTANI, MARÍA E; DI DOMENICA, VIOLETA; OLIVERA VS; VIARENGO, GASTÓN; CASAL, PABLO E; SAIGO, GERMÁN; CHOUHY, DIEGO; BARQUEZ, RUBÉN; POLJAK, MARIO; GIRI, ADRIANA A

Valle Hermoso

Encuentro; XLII REUNIÓN CIENTÍFICA ANUAL DE LA SOCIEDAD ARGENTINA DE VIROLOGÍA; 2022

SOCIEDAD ARGENTINA DE VIROLOGÍA

Los murciélagos son considerados reservorios naturales de importantes infecciones zoonóticas, algunas de las cuales pueden causar graves enfermedades en humanos. Por ello, es necesario conocer los virus presentes en murciélagos en estrecho contacto con poblaciones humanas a fin de detectar posibles saltos interespecies, prevenir enfermedades y contribuir a su conservación. Utilizando un enfoque metagenómico para la identificación de secuencias virales, analizamos muestras de heces de individuos de la especie Tadarida brasiliensis de una colonia migratoria y maternal en el centro de la ciudad de Rosario. Se seleccionaron muestras de heces de 20 individuos que fueron procesadas, agrupadas en dos pooles según la temporada de recolección (2016/2017 y 2017/2018) y sometidas a un tratamiento para el enriquecimiento de partículas virales. El ARN viral fue extraído y se prepararon librerías genómicas que fueron secuenciadas en la plataforma Illumina Nextseq 550. En total, se obtuvieron 31.386.428 lecturas que fueron sometidas a análisis de calidad, filtradas y ensambladas de novo utilizando diversas herramientas bioinformáticas. Los cóntigos mayores a 500 pb fueron clasificados mediante bases de datos virales utilizando BlastN y DIAMOND. La clasificación obtenida fue resumida mediante MEGAN6. Específicamente, se detectaron 15 cóntigos relacionados a la familia Coronaviridae. Las secuencias fueron analizadas mediante softwares predictores para la detección de la orientación y de los marcos de lectura abiertos codificantes para las proteínas virales. Se logró reconstruir el genoma completo de un nuevo coronavirus mediante alineamiento de 8 cóntigos diferentes (~6.000 pb cada uno) con el genoma de referencia más cercano. Además, se obtuvieron 2 cóntigos de ~30.000 pb y 5 cóntigos de ~6.000 pb correspondientes a 2 genomas completos y 2 genomas parciales de nuevos coronavirus, respectivamente. Utilizando como referencia genomas completos de coronavirus conocidos se construyeron árboles filogenéticos por máxima verosimilitud que permitieron inferir que los virus se agrupan en nuevos subgéneros de Alphacoronavirus, con similitudes entre 60 y 80% en el ORF1ab con respecto a otros coronavirus. Observamos que 2 de los genomas completos serían variantes del mismo virus (97% de similitud), mientras que uno de ellos comparte un 62% de similitud con los dos anteriores. Además, el análisis de secuencias parciales del gen RdRp de coronavirus de murciélagos de Argentina mostraron una alta similitud en esa región (entre 67-100%) respecto a los nuevos virus. Estos hallazgos representan los primeros genomas completos de coronavirus reportados en murciélagos de Argentina y en la especie T. brasiliensis. Este estudio aporta datos relevantes para la vigilancia de virus con potencial zoonótico presentes en murciélagos que viven en estrecho contacto con los humanos y contribuye a determinar su rol como posible reservorios de patógenos. Financiamiento: ANPCyT PICT 2019-01790.